بدأ فريق الدفاع عن رئيس "مركز ابن خلدون للدراسات الانمائية" الدكتور سعد الدين إبراهيم جهوداً لإعداد مرافعات لإلقائها أمام محكمة أمن الدولة العليا، بدءاً من الجلسة المقبلة في 14 نيسان ابريل المقبل في القضية المتهم فيها أيضاً 27 من الباحثين والمتعاملين مع المركز. تعهد رئيس "مركز ابن خلدون للدراسات الانمائية" الدكتور سعد الدين إبراهيم بالرد على ما جاء في مرافعة نيابة أمن الدولة التي ألقيت على مدى ثلاثة أيام، آخرها قبل ثلاثة ايام أمام محكمة أمن الدولة التي تنظر في القضية المتهم فيها ابراهيم نفسه و27 آخرين من الباحثين والمتعاملين مع المركز. وقال إبراهيم ل"الحياة" إن هيئة الدفاع عنه "لن تقوم فقط بالرد على التهم الواردة في لائحة الاتهام والأدلة التي اعتبرتها النيابة ثبوتية وإنما ستصر على الرد على ما ورد في مرافعة النيابة من عبارات تشهيرية". ورأى أن النيابة "حاولت تصوير مركز ابن خلدون والعاملين على أنهم أفراد عصابة يسعون بأي طريقة للاستيلاء على المال، وأنهم يعانون من نهم للثروة. وفي سبيل ذلك تحايلوا على جهات أمنية واساؤوا إلى سمعة بلادهم وخانوا الأمانة وخرجوا عن الاجماع الوطني وقدموا الرشوة إلى الموظفين العموميين، وكل ذلك من أجل 260 ألف دولار قيمة المنحة التي قدمها الاتحاد الأوروبي للمركز كنفقات لمشروع المشاركة السياسية". وكانت النيابة طالبت في نهاية مرافعتها بانزال أقصى العقوبة على جميع المتهمين في القضية، وفي مقدمهم إبراهيم، والتي تصل الى حد الاشغال الشاقة لمدة 15 سنة، بعدما وجهت اربع تهم الى رئيس "مركز ابن خلدون"، هي "التحايل على جهات أجنبية والحصول منها على أموال من دون ترخيص في مقابل إمدادها بمعلومات مغلوطة عن الأوضاع في البلاد، والتزوير في محررات رسمية والاتفاق الجنائي على ارتكاب جريمة رشوة موظفين عموميين"، لكن جانباً كبيراً من مرافعة النيابة ركز على اسلوب تعاطي المركز مع قضية الاقباط وخصوصاً المصادمات التي وقعت بين المسلمين والأقباط في قرية الكُشح بداية العام الماضي واسفرت عن مقتل 20 قبطياً ومسلماً واحداً. وفجرت النيابة مفاجأة كبيرة حين كشفت في المرافعات عبر رسالة كتبها إبراهيم الى الهيئة البروتستانتية الالمانية EZE تحدث فيها عن "تعرض الاقباط في مصر لاضطهاد غير مسبوق منذ الغزو الاسلامي العربي للبلاد"، لكن رئيس المركز أكد أن ترجمة ما جاء في الرسالة تعرض للتحريف، ورأى أن النيابة حاولت استخدام كل السبل لتحميل مركزه مسؤولية ما حدث في قرية الكُشح وكذلك اعتراض الاقباط على الاحكام التي صدرت عن محكمة الجنايات في القضية. وأضاف: "هناك سعي نحو استعداء المسلمين والاقباط في آن ضدي والايحاء للرأي العام بأن مركز ابن خلدون كان السبب وراء أي مصادمات وقعت في أي مكان على أرض مصر بين مسلمين وأقباط، وسنقوم أثناء مرافعة الدفاع بتفنيد ذلك وسأقدم الأدلة على براءة ساحتي، وسأثبت أنني كنت انفق من أموالي الخاصة على نشاط مركز ابن خلدون ولم أكسب من ورائه شيئاً، وأن العاملين في المركز لم يكونوا عصابة وإنما خبراء وباحثون واكاديميون يستحقون الاحترام".