انتقدت القاهرة اتهامها بالتضييق على عمل منظمات المجتمع المدني، موضحة أن تلك الادعاءات لا تستند إلى أدلة تدعمها. واعتبرت وزارة الخارجية أن تلك الادعاءات «تثير علامات استفهام عن مغزى اتباع هذا الأسلوب، وما إذا كان يهدف فعلاً إلى حماية الحقوق والحريات أم توفير الحماية لأشخاص أو فئات بعينها تعمل لتحقيق مصالح دول تستفيد من عمل تلك الجمعيات والمنظمات بما لا يتسق مع إرادة الشعب المصري ومؤسساته المنتخبة التي تضطلع بدورها الرقابي على أداء الحكومة، بل يهدف إلى الانقضاض على الإرادة الشعبية في محاولة لتقويضها وزعزعة الاستقرار في البلاد». ويخضع حقوقيون مصريون لتحقيقات في خصوص تلقي تمويل أجنبي بطرق غير قانونية، وأخيراً طلبت هيئة تحقيق قضائية منع مدير الشبكة العربية لمعلومات حقوق الإنسان المحامي جمال عيد وزوجته وابنته، ومؤسس المبادرة المصرية للحقوق الشخصية الصحافي حسام بهجت من التصرف في أموالهم وممتلكاتهم. ودعت الأممالمتحدة مصر إلى غلق ملف التحقيق مع «المدافعين عن حقوق الإنسان». ونددت 13 منظمة حقوقية دولية بتلك الاتهامات، معربة عن قلقها من صدور عقوبات بالحبس ضد الحقوقيين. وقال الاتحاد الأوروبي في بيان إن قرار «إحياء ما يسمى بقضية التمويل الأجنبي لعام 2011، لهو مصدر قلق بالغ»، مطالباً الحكومة المصرية بالسماح لمنظمات المجتمع المدني والمدافعين عن حقوق الإنسان «بالعمل المستقل من دون تخويف». وقالت وزارة الخارجية المصرية في بيان إنها «رصدت خلال الأيام الماضية العديد من التعليقات عن التحقيقات الجارية في شأن ممارسات فردية لعدد من القائمين على شؤون منظمات المجتمع المدني في مصر، ومن اللافت أن تصدر مثل تلك التعليقات من دوائر رسمية أجنبية تتهم من خلالها الحكومة المصرية بالتضييق على حرية عمل منظمات المجتمع المدني، مستخدمة عبارات تتسم بالتعميم المخل، ولا تستند إلى دلائل مادية تدعم تلك الادعاءات، الأمر الذي يوحي بأنها مستقاة من مصادر لها مصالح مباشرة في الترويج لمثل هذا الانطباع». وأضافت: «في الوقت الذي تشير فيه هذه التصريحات إلى وجود مناخ من التضييق على عمل منظمات المجتمع المدني في مصر، يتم إغفال حقيقة وجود أكثر من 47 ألف جمعية أهلية، وما يقرب من 100 منظمة غير حكومية أجنبية، تعمل في مصر بكل حرية في العديد من المجالات ذات المنفعة للمجتمع المصري. كما يتم إغفال أن المنظمات التي يخضع الأفراد المتصلين بها للتحقيق لا تمثل إلا عدد محدود للغاية، ومن ثم فإن التقدير المنصف وفقاً لمبدأ النسبة والتناسب، يدحض كل الادعاءات الواردة في تلك التصريحات، والتي تحاول ترسيخ الانطباع بوجود مناخ غير موات لعمل منظمات المجتمع المدني في مصر». ورأت وزارة الخارجية أنه «كان من المتصور أن تظهر الدوائر الحكومية التي أصدرت تلك التعليقات، وغيرها ممن تصدر للتعليق على الموضوع نفسه، اهتماماً بوضع ضمانات للاستخدام الأمثل لأموال دافعي الضرائب لدى الدول الممولة لتلك المنظمات لضمان توجيه نشاطاتها لأداء المهام المخصصة لها، ومن دون تربح شخصي أو انتهاك للقوانين الحاكمة لعمل تلك المنظمات، خصوصاً أن تلك الحكومات تطبق معايير وقواعد لعمل منظمات المجتمع المدني بها، وسبق أن أصدرت أحكاماً قضائية نافذة في حق المتلاعبين بالموارد المالية من العاملين في بعض تلك المنظمات». واعتبرت أن البيانات الصادرة عن الحكومات والمنظمات الدولية وبعض وسائل الإعلام تعقيباً على مناخ عمل منظمات المجتمع المدني في مصر تمثل «محاولة لتكريس انطباعات خاطئة عن منهج الحكومة المصرية إزاء مسألة التمويل الأجنبي لمنظمات المجتمع المدني». وقالت وزارة الخارجية: «أغفل أصحاب تلك البيانات حقيقة أن نسبة رفض الحكومة المصرية لتوفير تمويل أجنبي لمنظمات المجتمع المدني خلال عام 2015، اقتصرت على ما يقرب من 7 في المئة فقط منها، وأن البعض الآخر من المنظمات تلقى ما يقرب من 100 مليون دولار في شكل قانوني خلال العام الماضي، وهو ما لا يمكن معه بأي شكل من الأشكال الادعاء بوجود تضييق على عمل منظمات المجتمع المدني في مصر». وأكدت وزارة الخارجية «التزام مصر الكامل» دعم عمل الجمعيات والمؤسسات الأهلية والمنظمات الأجنبية غير الحكومية التي تعمل في شكل قانوني في البلاد، مشددة على دورها «كشريك في تحقيق التنمية الاقتصادية والاجتماعية».