عمل الجهاز القضائي الإسرائيلي خلال الانتفاضة كأداة لردع والعقاب الصارم ضد المعتقلين الفلسطينيين؛ حيث خلت المحاكم العسكرية الإسرائيلية من تطبيق الإجراءات القانونية العادلة؛ حيث كانت الأحكام قاسية والغرامات مكلفة، خاصة فيما يتعلق بالأطفال راشقي الحجارة. ومختلف القوانين في العالم تستثني الأطفال من العقوبات القاسية؛ وذلك لعدم نموهم النفسي والوجداني والعقلي عند ارتكابهم للمخالفات، ولكن إسرائيل تستثني الطفل الفلسطيني من ذلك الحق. وعلى العكس من ذلك؛ فإن القضاء الإسرائيلي يعطي أحكاما مخففة على القتلة الإسرائيليين، مثل: "ناحوم كورمان" قاتل الطفل "حلمي شوشة". الشاباك.. عصابات الأمن وعلى صعيد آخر، قامت إسرائيل بتصفية عدد من المواطنين الفلسطينيين بعد إلقاء القبض عليهم، كما حدث مع حالة الشهيد "محمود المغربي" و"أسعد قواسمة"، وإصابة بعضهم بعد اعتقالهم، كما حدث مع "إسماعيل يوسف"؛ حيث أصيب بعيار ناري في ركبته اليمنى، ووضع في مركز "عتصيون" دون تقديم علاج له. وارتفع عدد المعتقلين إداريا دون تقديمهم للمحاكمة ليبلغ 16 أسيرا إداريا، ويقوم الجيش أثناء عمليات الاعتقال بمداهمة المنازل بوحشية وتفتيش البيوت دون مراعاة لحرمتها، واستخدام الكلاب البوليسية، والاعتداء على ذوي المعتقل، وتقوم قوات الاحتلال بنصب كمائن عسكرية على الطرقات كوسيلة من وسائل اعتقال المطلوبين. ويقوم الشاباك مؤخراً باختطاف المواطنين من خلال وحدات خاصة من منازلهم، وأثناء سفرهم، أو على الحواجز دون معرفة ذويهم؛ مما يشكل خطراً على حياتهم؛ حيث يمكن تصفية المعتقل دون معرفة أحد بذلك. وقد تم اعتقال مرضى وجرحى، منهم "جهاد قصقص"، وهو مريض عقلياً، وكذلك "محمد قطوش" الذي اعتقل من داخل مستشفى "جمعية تأهيل المعاقين" في بيت جالا؛ حيث يُعالج من جروح أصيب بها، وكذلك يتم اعتقال العمال الفلسطينيين الذين يعملون داخل إسرائيل؛ حيث بلغ عدد المعتقلين منهم حوالي 250 عاملاً، بحجة عدم توافر التصاريح اللازمة. وفي الوقت الذي تفرض فيه إسرائيل حصارا على الشعب الفلسطيني - مما يحول دون زيارة الأهالي للسجناء، ويؤثر سلبياً على الفئتين، ويزيد الأمر سوءاً - يُمنع المحامون والمؤسسات المعنية أحيانا من زيارة الأسرى؛ مما يزيد من قلق أهالي الأسرى. إهدار حقوق الإنسان وقد عبرت العديد من هيئات وجمعيات حقوق الإنسان عن قلقها من أساليب التعذيب التي تنتهجها السلطات الإسرائيلية بحق السجناء الفلسطينيين. وقامت محاميتان لمؤسسة "منديلا"، وهما "بثينة دقماق" و"ليلى توتنجي" بزيارة عشرة من المعتقلين الذين يعانون من أوضاع صعبة داخل السجون، خاصة من الناحية الصحية؛ حيث يتم الفحص الطبي من خلال حاجز زجاجي يفصل بين الطبيب والمعتقلين. وورد في تقرير ل "منديلا"، بعد زيارة المحاميتين، اسم السجين "حاتم البصة" من سكان "العيزرية" الذي يعاني من تصلب الشرايين، ولا تقوم إدارة السجون برعايته صحياً؛ وهو ما يؤثر على حياته، وذكر التقرير أيضاً اسم السجين "محمد بشارات" الذي مكث ثلاثة أشهر في مستشفى الرملة دون إجراء الفحوص الطبية اللازمة، والذي فَقَد ثلاثين كيلو جراما من وزنه، وذلك لتقيئه المستمر. الأسرى المنسيون منذ بداية انتفاضة الأقصى والسجناء في تزايد، ولو أضفنا لهم السجناء من فترة الانتفاضة الأولى وما قبلها وما بعدها سنصل إلى حصيلة 2170 يتوزعون على 18 معتقلا ومركز توقيف. ولا بد من الإشارة إلى أن الوضع النفسي لهؤلاء الأسرى سيئ للغاية بسبب عدم ذكر قضيتهم خلال "مفاوضات شرم الشيخ" وغيرها من الاتصالات المباشرة وغير المباشرة، وذلك يظهر جليا من خلال بعض الرسائل التي تصل إلى أهالي السجناء؛ وهو الذي يدل على حالة الإحباط التي يعيشها أولئك الأبطال في أبشع سجون العالم.
