مثلت إيران مركز وبوابة عبور آمنة لمخططات القاعدة في الدول العربية والعالم طوال عقدين من الزمن، بعد أن تمكنت من إبرام شراكة سرية مع جماعات الإرهاب في تسعينات القرن الماضي. ووفر نظام الملالي ملاجىء للكثير من قيادات التنظيم الإرهابي ، واحتضنت عوائل وأسر قيادات القاعدة، وفي الوقت الذي فر فيه عدد من قيادات القاعدة وأسرهم وبينهم أسامة بن لادن وأيمن الظواهري إلى أفغانستان، فإن البعض فضل البقاء في طهران . وتفيد المعلومات أن طهران آوت العديد من مقاتلي القاعدة بينهم قيادات الصف الأول والقيادات الوسطى منهم سليمان أبو غيث وأبو الخير المصري وأبو محمد المصري وأبو حفص الموريتاني ، إذ كان الحرس الثوري الجهة المسؤولة عن هؤلاء الذين يمثلون المسؤولين والمشرفين على عمليات تنفيذ العمليات الإرهابية. وتتحدث التقارير عن أن ياسين السوري المولود عام 1982 هو المسؤول الأول عن تمرير صفقات القاعدة من الدول العربية والإسلامية بما فيها اليمن عبر إيران، كما أنه لعب دورا كبيرا في تهريب قيادات تنظيم القاعدة وأسرهم إلى طهران. كما اعترفت إيران بوجود المواطن الكويتي والقيادي في تنظيم القاعدة سليمان أبو الغيث على أراضيها رافضة تسليمه. وفي بداية الأطماع الإيرانية في اليمن، عمد نظام ولاية الفقيه إلى السماح للصريع زعيم تنظيم القاعدة ناصر الوحيشي للعودة إلى بلده، إذ سلمته للرئيس المخلوع علي عبدالله صالح. وكان الحارس الشخصي لزعيم تنظيم القاعدة أسامة بن لادن قد أكد وجود علاقة بين الحكومة الإيرانية وتنظيم القاعدة . وأوضح أن هناك شخصيات في القاعدة مهمتها تنظيم وتفعيل العلاقة بين التنظيم وإيران منها سيف العدل وأبو حفص الموريتاني.