يقال له مسجد الشجرة لأنه مبني في موضع الشجرة التي كان النبي صلى الله عليه وسلم ينزل تحتها، ويسميه البعض مسجد ذي الحليفة لوقوعه في منطقة ذي الحليفة اسم لماء بين بني جشم بن بكر من هوازن وبني خفاجة رهط توبة، وهي قرية بينها وبين المدينة 12 كيلا وتسمى الآن بآبار علي. ويقال له مسجد الميقات لأنه ميقات أهل المدينة ومن يمر بها، كما يقال له مسجد المحرم ومسجد الإحرام. وعن بناء المسجد في موضع الشجرة التي كان الرسول صلى الله عليه وسلم ينزل تحتها، فقد روى البخاري ومسلم عن عبدالله بن عمر رضي الله عنهما، أن رسول الله صلى الله عليه وسلم كان يخرج من طريق الشجرة ويدخل في طريق المعرس، وأن رسول الله صلى الله عليه وسلم كان إذا خرج إلى مكة يصلي في مسجد الشجرة، وإذا رجع صلى بذي الحليفة ببطن الوادي، وبات حتى يصبح. بني المسجد في عهد عمر بن عبدالعزيز عندما ولي إمارة المدينة، وجدد في العصر العباسي، ثم جدد في العصر العثماني في عهد السلطان محمد الرابع، وكان المسجد صغيرا جدا مبنيا من اللبن والحجارة، ولم يكن الحجاج والمعتمرون في المواسم يجدون راحتهم فيه. نظرا للمكانة التاريخية التي يحتلها مسجد الميقات فإنه يشهد أعدادا كبيرة من المحرمين للحج والعمرة، ومن هذا المنطلق أمر خادم الحرمين الشريفين الملك فهد بن عبدالعزيز آل سعود، رحمه الله، بتوسعة المسجد وتوفير العديد من الخدمات. لقد روعي في بناء المسجد إبراز التراث المعماري والأخذ في الاعتبار إيجاد مبان للخدمات وساحات لمواقف السيارات، ويتكون المسجد من سلسلة صفوف من الأروقة مرتبة على التوالي ومفصولة بمساحة 6م2، والمسافة المكررة لعقود الرواق هي 9ر6م محمولة على أعمدة ضخمة. وتغطي صفوف الأروقة قباب طويلة على فاصلة 8ر4م وارتفاع يصل إلى 16م من مستوى الأرض ويصل عددها مائة قبة، وهناك قبة واحدة فقط محمولة على قاعدة مربعة بضلع 4ر5م فوق المحراب، وارتفاعها 28م، أما المنارة فارتفاعها 64م، وقد غطيت أرضية المسجد بالرخام والجرانيت المزخرف، وصممت الأبواب من خشب التيك. وألحقت بالمسجد عدة مبان للخدمات على مساحة 9660م2، تضم 512 حماما، و 566 نافورة للاستحمام، خصص قسم منها للنساء، وهناك وحدات خاصة للعجزة والمسنين، كما يوجد 384 مكانا للوضوء، وقد زود بموقف يستوعب 500 سيارة صغيرة و 80 سيارة كبيرة، بالإضافة إلى مبنى السوق والمطاعم، ومساحته 10022م2 لتوفير مستلزمات الحجاج والمعتمرين.