أخرج نظام الآثار والمتاحف، الذي أقره مجلس الوزراء أمس الأول، الأوقاف من عموم مفهوم الآثار، مثل المساجد بحكم ارتباطها نظاما بوزارة الشؤون الإسلامية والأوقاف والدعوة والإرشاد. ووجه مجلس الوزراء أيضا جميع الجهات الحكومية بعدم القيام بعملية هدم أو حصر لأي آثار للتراث الإسلامي التاريخي مثل المساجد وغيرها إلا بإذن من المجلس. كما وجه مجلس الوزراء الجهات الحكومية بتطبيق الأحكام الواردة في نظام الآثار، خصوصا المنصوص عليها في الآثار الإسلامية التاريخية بما يجنبها الإزالة أو الاندثار بأي فعل من الأفعال البشرية كانت أو طبيعية، وبما يضمن ألا تكون مكانا لغير ما تدل عليه من مدلولات تاريخية أو أثرية أو عمرانية، وبعيدة عن ملامسة أي جانب من الجوانب المنافية للعقيدة الصحيحة. وشمل النظام تنسيق الهيئة العامة للسياحة والآثار مع الجهات ذات العلاقة بحصر وتقويم الآثار الإسلامية الموجودة في مكةالمكرمة والمدينة المنورة وصولا إلى الاستفادة مما يمكن الاستفادة منه بشكل لا يفضي للتعظيم أو التقديس مع ضرورة الاستئناس برأي الهيئة العامة للسياحة والآثار في اللجنة التحضيرية للمجلس الأعلى للشؤون الإسلامية عند النظر في أي عمل له صلة بالآثار الإسلامية.