تضمن مشروع نظام الإجراءات الجزائية تعديلا جوهرياً في مواد النظام المعمول به حالياً، من خلال حذف وإضافة مواد جديدة، ويختص النظام بما تطبقه المحاكم على القضايا المعروضة أمامها. وجاء في التعديلات الجديدة التي حددت لأول مرة، أنه ليس من حق هيئة التحقيق والادعاء العام اقامة الدعوى الجزائية أو إجراء التحقيق فيها في الحق الخاص، دون إذن أصحابها، إلا بناءً على شكوى من المجني عليه، كما حظرت ايقاف الأحداث دون 11 عاما حظراً مطلقاً واقترحت تشريعاً جديداً حول ايقاف الأحداث من سن 12-18 عاماً، واقترح مشروع النظام الجديد للمحقق أن يوصي بحفظ القضية في 13 حالة جديدة، وشدد النظام على معاملة المتهم المقبوض عليه بما يحفظ كرامته، ولا يجوز إيذاؤه جسدياً أو معنوياً، ويجب إخباره بأسباب توقيفه، ويكون له الحق في الاتصال بمن يرى إبلاغه . واذ كان موظفاً أوجب النظام الجديد إبلاغ مرجعه، وحدد ضبط الرسائل ومراقبة المحادثات «كما حدد» تصرفات المحقق وتناول النظام «الانتقال والمعاينة والتفتيش وضبط الأشياء المتعلقة بالجريمة» وأقرت فقرات منها (يُحظر على المحقق أن يحول دون إسعاف المصابين في الحادث ؛ بقصد إجراء التحقيق أو استكماله). وفي باب «الاستماع إلى الشهود» ناقش النظام الاستجواب والمواجهة والتكليف بالحضور وأمر القبض والإحضار وأمر التوقيف، وما يعد من الجرائم الكبيرة الموجبة للتوقيف، كما تضمنت التعديلات الجديدة تغييرا في «قوة الأحكام النهائية».