انتقد شيخ الأزهر أحمد الطيب الدعوة التي وجهها البابا بنديكتوس السادس عشر إلى قادة العالم لحماية المسيحيين الأقباط واصفا هذه الدعوة بأنها «تدخل غير مقبول» في شؤون مصر، وذلك في تصريح له نقلته مصادر صحافية مصرية. وقال في مؤتمر صحافي «إنني أختلف مع البابا في هذا الرأي، وأتساءل لماذا لم يطالب البابا بحماية المسلمين عندما تعرضوا لأعمال قتل في العراق». معتبرا أن دعوة البابا تنم عن تعامل بنظرة غير متساوية للمسلمين والمسيحيين. وكان البابا بنديكتوس السادس عشر طلب السبت من قادة العالم حماية المسيحيين من التجاوزات ومظاهر عدم التسامح الديني، وذلك في أعقاب الاعتداء الذي استهدف كنيسة في الإسكندرية. وقال البابا في قداس رأس السنة في كاتدرائية القديس بطرس «في مواجهة التوترات التي تحمل تهديدا في الوقت الراهن وأمام أعمال التمييز والتجاوزات وخصوصا مظاهر التعصب الديني، الأقوال لا تكفي، بل يتعين على مسؤولي الأمم إبداء التزام عملي وثابت». وإذ انتقد شيخ الأزهر دعوة البابا، جدد في الوقت نفسه إدانته للاعتداء على الكنيسة، مؤكدا أن «كل علماء المسلمين يعلمون أن ذلك الحادث لا يقره دين أو نظام اجتماعي».