قرر مجمع البحوث الإسلامية بجلسته الطارئة المنعقدة ، الخميس 20 يناير 2011 ، تجميد الحوار بين الأزهر والفاتيكان إلى أجل غير مسمى. وأكد المجمع فى بيان له أن القرار جاء نتيجة تعرض بابا الفاتيكان للإسلام بشكل سلبى أكثر من مرة، وتأكيده بغير حق على أن المسلمين يضطهدون الآخرين الذين يعيشون معهم فى الشرق الأوسط. وقال الأمين العام للمجمع الشيخ على عبد الدايم أن قرار التجميد يأتى لتكرار ما صدر من بابا الفاتيكان بنديكت السادس عشرأكثر من مرة من تعرضه للاسلام بشكل سلبي , ومن دعوته اضطهاد المسلمين للآخرين الذين يعيشون معهم في الشرق الأوسط ولذا فقد قرر الأزهر تجميد الحوار مع الفاتيكان. يذكر أن بالأزهر لجنة للحوار مع الفاتيكان تعقد اجتماعها مرتين سنويا لاستعراض كل ما يتعلق بالتعاون بين الجانبين.