تصاعدت الأزمة بين الأزهر الشريف والفاتيكان بعد قرار الأزهر بتعليق حواره مع الفاتيكان لأجل غير مسمى على خلفية تصريحات للبابا عن الإسلام بعد حادث كنيسة القديسين في مصر، ودعوته الاتحاد الأوروبي إلى القيام بخطوة مشتركة من أجل حماية مسيحيي الشرق الأوسط. وأخذت الأزمة بعداً جديداً بعد تهديد الكاردينال بيتر توركسون رئيس المجلس المسكونى للعدالة والسلام بنقل حوار الفاتيكان مع الإسلام إلى إيران، مشيراً إلى أن الحوار مع الإسلام لن يتوقف وهو غير محصور بمصر، وأكد أن لا أحد يمنع بابا الفاتيكان من التعبير عن رأيه فيما يتصل بأبنائه.وكان الأزهر قد أعلن أنه قرر تجميد الحوار مع الفاتيكان لأجل غير مسمى، احتجاجا على تعرض البابا بنديكت السادس عشر للإسلام بشكل متكرر، وانحيازه ضده، مشيراً إلى أن بابا الفاتيكان تعرض للإسلام بشكل سلبي أكثر من مرة، وأكد بغير حق على أن المسلمين يضطهدون الآخرين الذين يعيشون معهم في الشرق الأوسط.