اتهمت نيابة أمن الدولة العليا في مصر الدكتور سعد الدين إبراهيم المقيم في قطر بالتخابر مع الولاياتالمتحدةالأمريكية بقصد الإضرار بالمصالح القومية لمصر. وقد استمعت النيابة إلى أقوال رئيس الحزب الجمهوري الحر حسام مصطفى، وعضو مجلس الشورى الدكتور نبيل لوقا بباوي؛ اللذين قدّما بلاغين ضد الدكتور سعد الدين إبراهيم رئيس مركز ابن خلدون للدراسات الإنمائية، يتهمانه فيهما بالتخابر مع دولة أجنبية بقصد الإضرار بالمصالح القومية . وكانا- رئيس الحزب الجمهوري الحر وعضو مجلس الشورى- قد أقاما أيضا جنحة مباشرة أمام محكمة جنح الخليفة ضد سعد الدين إبراهيم، حيث اتهماه فيها بالإضرار بمصالح مصر القومية عبر التخابر والاتصال برئيس دولة أجنبية هو الرئيس الأمريكي السابق جورج بوش، وذلك من أجل نقل معلومات خاصة بالأمن القومي للبلاد، وطلبا عقابه بالعقوبة المقررة لجريمة التخابر. غير أن المحكمة قضت بعدم اختصاصها نوعيا بنظر القضيتين، معتبرة أن ما أسند إلى سعد الدين إبراهيم يشكل جناية ويلزم معه أن تجري النيابة العامة التحقيق فيها قبل إحالتها إلى محكمة الجنايات المختصة. وكان النائب العام المستشار عبد المجيد محمود أحال البلاغين والدعوتين إلى نيابة أمن الدولة العليا، على اعتبار أن التهم الموجهة إلى سعد الدين إبراهيم تختص بنظرها نيابة أمن الدولة العليا.