اتهمت وزارة الداخلية المصرية في وقت متأخر، الإثنين، حركة تتبع للإخوان بتدريب وتمويل منفذي التفجير الانتحاري الذي استهدف الأحد، كنيسة في القاهرة مما أوقع 25 قتيلا، وذلك بهدف «إثارة أزمة طائفية واسعة» في البلاد. وكان الرئيس عبدالفتاح السيسي كشف أثناء مشاركته في تشييع جثامين الضحايا أن مرتكب الاعتداء «محمود شفيق محمد مصطفى، وفجر نفسه بحزام ناسف» في الكنيسة الملاصقة لكاتدرائية الأقباط الأرثوذكس. ولم تعلن أي جهة مسؤوليتها عن الاعتداء، في حين نفت حركة «حسم» التي تتهمها السلطات بأنها تابعة للإخوان أي تورط لها في التفجير. ومساء الإثنين، أكدت وزارة الداخلية في بيان أن الانتحاري واسمه الحركي «أبو دجانة الكناني» سبق وأن اعتقل مطلع 2014 بتهمة تأمين مسيرات للإخوان باستخدام سلاح ناري قبل أن يخلى سبيله بعد شهرين تقريبا. ولاحقا حاولت السلطات القبض عليه مجددا للتحقيق معه في قضيتين أخريين تعودان للعام 2015 ومرتبطين بجماعات تكفيرية لكنه توارى عن الأنظار. وأكدت الوزارة في بيانها، أن «نتائج المضاهاة للبصمة الوراثية لأسرة المذكور (دي ان ايه) مع الأشلاء المشتبه فيها والتي عثرعليها بمكان الحادث، أسفرت عن تطابقها». وعثر المحققون في مخبأ تابع للانتحاري وشركائه على «عدد 2 حزام ناسف معد للتفجير وكمية من الأدوات والمواد المستخدمة فى تصنيع العبوات المتفجرة». وأضاف البيان: إن المتهم الرئيسي في هذه الشبكة والذي لا يزال فاراً، هو بحسب الوزارة «مهاب مصطفى السيد قاسم»، وهو طبيب واسمه الحركي «الدكتور». كما أكدت تحقيقات الوزارة أن المتهم الرئيسي «مهاب» بقي على «تواصل مع القيادات الإرهابية، وتم تكليفه بالبدء في الإعداد والتخطيط لعمليات تستهدف الأقباط بهدف إثارة أزمة طائفية». وأوضحت الوزارة، أنها خلال مداهمة قوات الأمن لهذا المخبأ عثرت على المتهمين الأربعة - بينهم امرأة - والمضبوطات من أسلحة وأحزمة ناسفة ومتفجرات. ووقع التفجير داخل الكنيسة خلال قداس الأحد، وهو الأكثر دموية ضد الأقباط في مصر، منذ اعتداء كنيسة القديسين في الإسكندرية، في ليلة رأس السنة الميلادية 2011 والذي أوقع 21 قتيلا.