أثار فيلم "متى المسكين" الذي عرض في مهرجان الإسماعيلية للأفلام التسجيلية والقصيرة حالة كبيرة من الجدل بين النقاد والمتابعين لأفلام المهرجان. حيث يتناول الفيلم قضية حساسة وهي قضية الصراع بين الأب متى المسكين - الراهب الراحل رئيس دير أبو مقار- وبين بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية الأنبا شنودة، كذلك قضية علاقة الدولة بالدين. و يبدأ الفيلم بالفتنة الطائفية التي اشتعلت في مصر عام 1981 بمنطقة الخانكة والزاوية الحمرا ومناطق عشوائية أخرى في مصر، بعد تنامي الاتجاه الإسلامي الذي دعمه السادات لمواجهة التيارات اليسارية والناصرية. ويتطرق الفيلم لحياة الأب متى المسكين وتحوله إلى الرهبنة، والكتب التي كتبها لتناقش أمور العقيدة والدين. كما يتناول قضية شائكة وهي الصراع الذي نشأ بين البابا شنودة والراهب متى المسكين، وقد تبنى الفيلم وجهة نظر منحازة للراهب متى المسكين ضد البابا شنودة والكنيسة من خلال آراء بعض المفكرين والسياسيين، مثل ميلاد حنا ورفعت السعيد ويحيى الجمل الذين أكدوا أن البابا شنودة كان يصلح لأن يكون رجل سياسة أكثر منه رجل دين، وأنه يستخدم الدين لتحقيق أهداف سياسية. كما شكك الفيلم في الطريقة التي تولى بها البابا شنودة "بابوية الكنيسة" حيث أشار رئيس تحرير الفجر عادل حمودة إلى أن القرعة التي اختير من خلالها البابا شنودة كانت مزورة لأن جميع الأوراق كان مكتوبا عليها اسم البابا شنودة. وقد توقع كثير من النقاد الذين شاهدوا الفيلم أن يثير غضب الكنيسة وستطالب بعدم عرضه. حيث قال الناقد هاشم النحاس ل "الوطن"إن الفيلم سيثير عاصفة غضب قوية في الكنيسة، ولن يمر مرور الكرام ،لأنه أدان "الأنبا شنودة"، في صراعه مع الراهب متى المسكين، كما يدين الكنيسة في تداولها للسياسة. و قال الناقد مجدي الطيب إن حديث مخرج الفيلم والموضوع الذي تناوله يؤكدان أنه غير مدرك لخطورة الفيلم الذي قدمه، مؤكدا أن الكنيسة ستعلن رفضها الشديد للفيلم. أما مخرج الفيلم إياد صالح فقال إنه لا يتوقع أي هجوم من الكنيسة ذلك أنه لم يتدخل في الناحية العقائدية.