لاحت بوادر أزمة بين الخرطوموالقاهرة على خلفية مزاعم بحصول السلطات المصرية على برقية من الرئيس السوداني عمر البشير لنظيره المصري محمد مرسي بعد عزله، تتحدث عن خطوات سودانية ردا على الإقصاء. واعتبرت القاهرة العملية تدخلا سافرا في شؤونها الداخلية، لكن الحكومة السودانية سارعت إلى النفي. وكشفت الخارجية السودانية أنها استدعت القائم بالأعمال المصري بالخرطوم، ونقلت له أن ما جاء في الخبر غير صحيح، وهو محاولة للإيقاع بين البلدين الشقيقين، وأكدت الخارجية أن ما نُشر هو محض افتراء، ونسج من خيال مريض، مجددة موقف السودان الثابت أن ما يجري في مصر حالياً شأن داخلي يخص شعبها، ومؤسساتها القومية، وقواها السياسية.