دعا المجلس العسكري الاعلى للجيش السوري الحر الى "وحدة الصف" و"نبذ التفرقة" بين المجموعات المقاتلة ضد النظام السوري، مؤكداً مرجعية الائتلاف المعارض ك "مظلة سياسية" للعمل الثوري. وتأتي هذه الدعوة بعد اقل من اسبوعين على اعلان 13 مجموعة مقاتلة في سورية بعضها مرتبط بهيئة الاركان، رفضها الائتلاف الوطني والحكومة الموقتة، وتشكيل اطار جديد ذات توجه اسلامي. ودعا المجلس الى "وحدة الصف ونبذ كل أشكال التفرقة، على قاعدة الاحترام المتبادل ورفض كل أشكال شرذمة الصفوف من خلال الدخول في تقسيمات فئوية للجسمين العسكري والسياسي"، وذلك في بيان وزعه االمكتب الاعلامي للائتلاف الوطني لقوى الثورة والمعارضة السورية. واكد المجلس "ضرورة احترام مؤسسات الثورة السورية، على رأسها الائتلاف الوطني الذي يشكل المظلة السياسية للعمل الثوري وقيادة الاركان ورئاسة الحكومة (الموقتة للمعارضة)"، وذلك اثر اجتماع للمجلس مع رئيس الائتلاف احمد الجربا ورئيس الاركان اللواء سليم ادريس وقادة الجبهات. وجرى خلال الاجتماع "توضيح وجهات النظر المتبادلة وتبديد بعض الالتباسات، بعدما شرح رئيس الائتلاف حيثيات المرحلة والظروف التي أحاطت بعمل الائتلاف في اللحظة المفصلية من تاريخ ثورتنا". وكانت مجموعات مقاتلة بارزة مثل جبهة النصرة المرتبطة بالقاعدة، ولواء التوحيد واحرار الشام ولواء الاسلام، اعلنت في 27 ايلول/سبتمبر عدم اعترافها بأي "تشكيلات معارضة" في الخارج بما فيها الائتلاف والحكومة الموقتة، داعية الى التوحد ضمن "اطار اسلامي" يقوم على الشريعة. وطرح القرار شكوكا حول القدرة التمثيلية للمكون الابرز في المعارضة السورية والذي يحظى بدعم الدول الغربية. كما رأى محللون ان القرار رد على ضغوط متزايدة على المعارضة السورية للمشاركة في مؤتمر جنيف 2 الذي يسعى المجتمع الدولي الى عقده في تشرين الثاني/نوفمبر، سعيا للتوصل الى حل للازمة السورية بمشاركة ممثلين للنظام والمعارضة. وجدد المجلس العسكري في بيانه "رفض اي حوار مع نظام الارهاب"، في اشارة الى نظام الرئيس بشار الاسد، معتبرا ان "الحد الادنى المقبول هو اجراء عملية تفاوض بضمانة عربية واسلامية تسبق الرعاية الدولية، وينطلق بها الائتلاف الوطني لقوى الثورة والمعارضة من ثابتة تنحي الاسد وانتقال السلطة ومحاسبة مرتكبي جرائم الحرب بحق الشعب السوري".