يعتقد بعض الباحثين أن قتل البكتيريا الحميدة الموجودة في الجسم باستخدام المضادات الحيوية، قد يساهم في ارتفاع نسبة الإصابة بالأمراض المزمنة، مثل البدانة، والربو، والسرطان. وأوردت الدراسة التي نقلتها شبكة "سي إن إن" أنه في البلاد المتقدمة كالولايات المتحدةالأمريكية، يبلغ معدل عدد مرات استخدام الشخص للمضادات الحيوية، منذ طفولته حتى سن الثامنة عشر، حوالي 10 إلى 20 جرعة علاج، وأكدت على ضرورة مراعاة الحذر في وصف المضادات الحيوية، خاصة لدى النساء الحوامل والأطفال الرضع، الذين مازالوا في طور تكوين مجموعات البكتيريا المفيدة في أجسامهم. يقول مارتن بليز، من جامعة نيويورك والمشرف على الدراسة: "ليس هناك من أدنى شك أن استخدام المضادات الحيوية بالصورة الصحيحة، يمكن أن ينقذ حياة المريض." إلا أنها لا تستخدم دائماً بالشكل الصحيح، وغالباً ما يصف الأطباء المضاد الحيوي للمريض قبل التأكد مما إذا كان الالتهاب فيروسيا أم جرثومياً، إذ كما هو معروف ليس هناك أي فعالية للمضادات الحيوية في الحالات الفيروسية. ومع تزايد استخدام المضادات، أظهرت الدراسات أن البكتيريا الموجودة في جسمنا، والتي تحتوي على فوائد عدة منها المساعدة على تركيب الفيتامينات، وتحسين المناعة، ونتعايش معها تغيرت كثيراً، وأهم مثال على ذلك البكتيريا H.pylori الموجودة عادة في المعدة بشكل طبيعي، والتي باتت تسبب تقرحها. كما ذكر أن المضادات الحيوية يمكن أن تقود إلى البدانة، بآلية ما زالت مجهولة، كذلك تزداد فرص إصابة الأطفال بالتهاب الأمعاء، والحساسية، والربو، والسكري من النمط الأول، مع زيادة عدد مرات استخدام تلك الأدوية.