يحوي معرض نوادر مخطوطات المسجد النبوي تراثًا فنيًّا عظيمًا وحرفا يدوية ثمينة، مبرزاً دور وكالة الرئاسة العامة لشؤون المسجد النبوي في حفظ التراث الإسلامي والعناية به، والدور الذي قامت به المخطوطات الإسلامية عبر التاريخ في حفظ العلوم ونشرها، من خلال عرض نماذج من نوادر المخطوطات الإسلامية في شتى العلوم والفنون، وتعريف الزوار بطرق التدوين والكتابة قديمًا، ويستعرض تراثًا أقيم عليه العديد من الدراسات لفَهم الثقافة العربية والإسلامية، كالنقوش على المواد الصلبة والخدوش الكتابية خلال مراحل تطور الكتابة عبر العصور، ويستعرض معرض نوادر المخطوطات بالمسجد النبوي بأسلوب حديث ملائم لما يحتويه من نوادر، حيث يضم المعرض قاعتين يتم من خلالها عرض المخطوطات على حائط جداري شفاف بشكل منظم ومريح للعين بحيث تكون محفوظة من التلف، كما يحوي المعرض 30 مخطوطًة من أقدم المخطوطات، ويعود أقدم مخطوط فيها لعام 578ه، ويوجد في المعرض أسطح الكتابة القديمة التي كانت تدون عليها العلوم قديمًا كالعظام والجلود والأخشاب والحجارة ويبلغ عددها 15 مادة للكتابة، بالإضافة إلى 31 نوعًا من أدوات الكتابة كالمحابر والأقلام وحافظات الأقلام وأدوات المداد والألوان وغيرها من المواد التي تستخدم في تزيين وتلوين المخطوطات. وتقوم إدارة معرض نوادر المخطوطات باستقبال زواره يوميًا، وقد هيأت كوادر مدربة لاستقبال الزوار وخدمتهم وتعريفهم بمقتنيات المعرض وما يحتويه من نوادر، يأتي ذلك ضمن جهود وكالة الرئاسة العامة لشؤون المسجد النبوي في إثراء تجربة الزوار خلال فترة زيارتهم للمسجد النبوي .