يضم معرض نوادر مخطوطات المسجد النبوي تحفًا فنية ثمينة، وصناعة تراثية عتيقة، صُمم بنسق حديث ملائم لما يحتويه من خلال قاعتين، يوجد فيهما حائط جداري شفاف يتم من خلاله عرض المقتنيات بشكل منظم يحفظها من التلف، حيث يضم 30 مخطوطة أقدمها منذ عام 578ه، ويوجد في المعرض أسطح الكتابة التي كانت تدون عليها العلوم قديماً كالعظام والجلود والأخشاب والحجارة التي بلغ عددها 15 سطحاً، بالإضافة إلى 31 نوعاً من أدوات الكتابة كالمحابر والأقلام وحافظات الأقلام وأدوات المداد. ويهدف المعرض إلى إبراز دور وكالة المسجد النبوي في حفظ التراث الإسلامي والعناية به، والدور الذي قامت به المخطوطات الإسلامية عبر التاريخ في حفظ العلوم ونشرها من خلال عرض نماذج من نوادر المخطوطات الإسلامية في شتى العلوم والفنون وتعريف الزوار بطرائق التدوين قديماً من خلال عرض نماذج مختلفة، ومتعددة من أسطح الكتابة، إضافة لعرض عدد متنوع من أدوات الكتابة وتوضيح طرق استخدامها من خلال عرض مواد صنع المداد والألوان وغيرها من المواد التي تستخدم في تزيين وتلوين المخطوطات. يشار إلى أن المعرض يستقبل زائريه يومياً من الساعة 8 صباحاً حتى الساعة 8 مساءً، كما يتم إدخال 30 زائراً كل نصف ساعة بإجمالي 720 زائراً في اليوم الواحد وذلك وفق الإجراءات الوقائية الاحترازية.