ابن المقفع من أوائل المفكرين الذين فقدوا حياتهم بتهمة الزندقة، فقد أمر له بتنّور، وقطعت أربعته، ورميت في التنور وهو ينظر. وإلى الآن لم تثبت الروايات التاريخية حقيقة هذه التهمة ضده، بقدر ما تشير إلى كونه واسع الاطلاع، عميق المعرفة بالثقافات الأجنبية، وترجم الكثير منها، وخلل كتاباته الكثير من أفكارها ومعتقداتها، وهو الأمر الذي تدعوه المراكز البحثية في وقتنا الحاضر الأدب المقارن. لكن تهم الزندقة كانت توظف على الغالب للتخلص من العصاة، والخصوم السياسيين، فمن الأسباب التي تروى لقتل ابن المقفع ليس زندقته وحسب، بل غضب الخليفة العباسي المنصور عليه، لرسالة كتبها لعمه واعتبرها الخليفة مهينة. ورغم أن الزندقة مصطلح مبهم ومطاط ولا تتضح معالمه، إلا أنها كانت وقتها تطلق على من تظهر سلوكياته بقايا العقيدة المانوية، التي ما برحت كامنة في أعماق سكان بلاد الرافدين آنذاك، أو البوذية وطقوسها التي كانت منتشرة في الصين وآسيا الوسطى، أو نصرانية السريان، أي أن المصطلح كان حاضرا بكثافة في سجالات الفضاء الفكري، فالمؤرخ الذهبي يقول إنه عام 166 جدّ الخليفة المهدي، في تتبع الزنادقة، وإنشاء ديوان خاص لملاحقتهم، وجعل عليه شخصاً صارماً ذا قوة وشكيمة، يطلق عليه صاحب الزنادقة! مهمته البحث عنهم في الآفاق، والقتل على التهمة. وإن كان ابن المقفع ليس أول قتيل لتهمة الزندقة، فالتاريخ يشير إلى خلق كبير قضوا نحبهم، بسيف محاكم التفتيش عن الزندقة. وهو الأمر الذي جعله الخليفة العباسي (القادر بالله) أمراً مؤسسياً، عبر الوثيقة القادرية حيث أدرج عدداً من العقائد التي يعاقب معتنقوها بتهمة الزندقة والهرطقة، مثل (المعتزلة، والرافضة والإسماعيلية والقرامطة والجهمية والمشبهة.. وسواهم)، وإن كان بعض المؤرخين يرجعون الوثيقة القادرية إلى نوع من التصدي للهيمنة الفارسية البويهية على مقاليد الحكم في زمن القادر بالله، إلا أنه كثيرا ما تصادفنا في المدونة التراثية رموز فكرية كبرى حاصرتهم ولاحقتهم هذه التهمة، كابن الهيثم، وأبي حيان التوحيدي، وأبي العلاء المعري، وابن سينا، والفارابي.. وسواهم. عبر التاريخ اتسعت دائرة التهمة، وتربصت هراوة التبديع، والتفسيق، وتهمة الزندقة بكل نشاط فكري وفلسفي داخل الفضاء الإسلامي، فانخفضت الأسقف، وأُعتمت العقول الخلاقة النابهة، وغابت فضيلة الشك والسؤال، وبقيت فقط تهم الزندقة.. التي إلى اليوم تصول وتجول وتطلق التهم جُزافا ذات اليمين والشمال.