في الاسابيع التي أعقبت 11 أيلول/سبتمبر، قامت وكالات تطبيق القانون باعتقال 1200 شخص في أكبر عملية اعتقال تشهدها البلاد على الاطلاق. وأغلب المعتقلين رجال من أصول عربية وشمال أفريقية أو جنوب آسيوية وقد تم اعتقالهم لتهم تتعلق بالهجرة أو تم احتجازهم «كشهود أساسيين» في عملية اعتقال كاسحة وغير معتادة سواء في نطاقها أو مدى سريتها، ومنذ ذلك الحين، والحكومة الامريكية مازالت صامتة إزاء هوياتهم، وجرائمهم المفترضة، وأسماء المحامين الذين يتولون الدفاع عنهم. وتذرعت وزارة العدل بأن الكشف عن هذه المعلومات يمكن أن يستغله عدو يرغب في قتل الآلاف من الابرياء في أعمال عنف واسعة النطاق. وقال المسؤولون أن الاوقات الصعبة تتطلب إجراءات صعبة، وإذا اعتبرنا مستوى التأييد العالي للرئيس جورج دبليو. بوش في استطلاعات الرأي وكذلك لحربه على الارهاب مقياسا، فإن غالبية الامريكيين يوافقون هذا الرأي. ولكن خلال الصيف الحالي، دحضت قاضية فدرالية هذه الحجج، ففي انتصار لنشطاء الحقوق المدنية، أصدرت القاضية جلاديس كيسلر حكما بأن تقوم الحكومة بكشف أسماء المحتجزين وأولئك الذين تم إطلاق سراحهم أو ترحيلهم دون أن يسمع عنهم أحد. وكتبت كيسلر في حيثيات حكمها الذي تم استئنافه منذ صدوره «إن الاولوية الاولى للسلطة التنفيذية في وقت الازمة هي ضمان الأمن المادي لمواطنيها». وأضافت «وبنفس المنطق فإن الاولوية الاولى للسلطة القضائية في وقت الازمة يتعين أن تكون ضمان أن الحكومة أيضا تعمل في إطار اللوائح والضوابط الدستورية التي تميز الانظمة الديموقراطية عن الدكتاتورية». وتعد مسألة الموازنة بين الأمن القومي من ناحية والحقوق المدنية من ناحية أخرى، وهو موضوع قديم في الديموقراطية، أحد التحديات التي واجهتها إدارة بوش بعد تعرض الاراضي الامريكية للهجوم لاول مرة منذ بيرل هاربور عام 1941 وهي الهجمات التي أثارت أيضا في وقتها رد فعل جدلي تعلق باعتقال الامريكيين من أصل ياباني. وقال المدعي العام جون آشكروفت مؤخرا «يجب أن نكون حذرين للغاية عندما نقوم بإجراء لضمان حماية الحرية». وأضاف آشكروفت «إن الحرية والامن ليسا متعارضين بالضرورة، إن الحرية هي الهدف وراء أمننا، وهو ما نسعى إلى صيانته». وثارت مناقشات جدلية أخرى حول وضع الاعداء المعتقلين، والمحاكمات العسكرية السرية التي لا تسمح بالاستئناف، وتوسيع نطاق سلطات مكتب التحقيقات الفدرالي (إف.بي.آي)، وتجنيد الملايين كمخبرين ومبلغين عن الارهابيين المحتملين. فقد تعرضت الولاياتالمتحدة للانتقادات من الخارج عندما أعلنت أن المقاتلين المعتقلين في أفغانستان والمحتجزين في قاعدة بحرية بكوبا هم «معتقلون في معارك»، وليسوا أسرى حرب، الامر الذي يحرمهم من حقوقهم المنصوص عليها وفق معاهدة جنيف لمعاملة أسرى الحرب، وبحلول آب/أغسطس، كان 564 شخصا من هؤلاء قد تم اعتقالهم. وفي الولاياتالمتحدة، أعرب نشطاء الحقوق المدنية عن قلقهم إزاء قانون باتريوت الأمريكي، الذي تمت الموافقة عليه بشكل كاسح في تشرين أول/أكتوبر فيما كان المشرعون يفرون من مكاتب ملوثة ببكتيريا الانثراكس (الجمرة الخبيثة). والقانون، واسمه (يو.إس.إيه. باتريوت) هو اختصار ل«توحيد ودعم الولاياتالمتحدة بإمدادها بالادوات الملائمة اللازمة لاعتراض وإعاقة الارهاب»، عزز صلاحيات الحكومة فيما يتعلق بمراقبة خطوط الهاتف والانترنت واعتقال وترحيل المشتبه في كونهم إرهابيين من غير المواطنين الامريكيين. وتقول لورا ميرفي من المجلس الأمريكي للحريات المدنية «إن هذا القانون مبني على افتراض خاطئ وهو أن الأمن ينبغي أن يأتي على حساب الحريات المدنية».
