يتولى مركز الأمير سلطان لأبحاث البيئة والمياه والصحراء الأمانة العامة لجائزة الأمير سلطان بن عبدالعزيز العالمية للمياه، التي أعلن بدء الدعوة للترشيح للدورة الأولى لها مؤسسها الأمير سلطان بن عبدالعزيز - يرحمه الله - في 21 تشرين الأول (أكتوبر) 2002. وأوضح المركز في موقعه على الإنترنت أن الجائزة تتصف بأنها عالمية علمية تقديرية دورية تمنح كل عامين، وتهدف إلى تقدير جهود وبحوث العلماء والمبدعين والمؤسسات العلمية والتطبيقية في مجال المياه في شتى أنحاء العالم، على إنجازاتهم المميزة التي أسهمت في إيجاد الحلول العلمية الكفيلة بعون الله بالوصول إلى توفير المياه الصالحة للاستعمال، والتقليل من ندرتها والمحافظة على استدامتها وخصوصاً في المناطق الجافة. وتضم الجائزة خمسة أفرع قيمتها لكل فرع 500 ألف ريال (133 ألف دولار)، تقدم تقديراً لكل نتاج فكري أو مادي سواءً أكان لأفراد أم مؤسسات، يؤدي إلى تقدم المعرفة البشرية، فضلاً عن رفع مستوى الإلمام والتحكم البشري في المجالات الآتية: المياه السطحية، والمياه الجوفية، والموارد المائية البديلة (غير التقليدية)، وإدارة الموارد المائية، وحماية الموارد المائية. مجلس الجائزة يتكون مجلس الجائزة من الأمير خالد بن سلطان رئيساً، وعضوية وزير المياه والكهرباء، ومدير جامعة الملك سعود، ومحافظ المؤسسة العامة لتحلية المياه، والأمين العام للجائزة، وسته خبراء دوليين، ومحلّيين.