اعتبر الإمام الخالصي أن الخطر من الاحتلال الأميركي للعراق "ليس متأتياً من نهب تقليدي للثروة… بل في انه يحمل مشروعاً صهيونياً معادياً للإسلام والعرب". ودعا العراقيين إلى المقاومة بكل الوسائل. وانتقد في بيان تلقت "الحياة" نسخة عنه "موقف بعض العراقيين المتورطين بالتعاون مع الاحتلال ومشاريعه"، مشيراً إلى أن "الاحتلال" يتخذ من هؤلاء المتعاونين "وسيلة للتمويه… ريثما يمرر مشروعه الصهيوني في استئصال الإسلام من العراق". وأشار إلى أن "الاحتلال يتنصل يوماً بعد يوم من كل تعهداته في التحرير والديموقراطية، فقد سعى آنفاً بنفسه إلى مجلس الأمن ليعفيه من سمة المحرر إلى المحتل، ثم فرض على الشعب مجلساً من المصفقين، على غرار "مجلس قيادة النظام البائد" يتفرد بالقرار فيه "ديكتاتور أميركي صهيوني" بدلاً من "ديكتاتور تكريتي عفلقي"، وازاء هذا الاحتلال الهمجي الحاقد ومشروعه الصهيوني، ليس أمام الشعب العراقي إلا المقاومة بكل الوسائل، حقاً تقره كل الشرائع الدولية والدينية". ودعا "كل القوى الوطنية الخيّرة إلى أن تطرح كل الخلافات جانباً وترص صفوفها تحت راية جهاد واحدة، وتقدم مشروعها الوطني الخالص للدستور والدولة، لتملأ الفراغ السياسي، وتسعى إلى كسب الاعتراف الدولي …. فالاحتلال يقتضي مشروعية المقاومة، وغزو بلاد المسلمين يفرض عينية الجهاد باجماع الفقهاء، كما أن التعاون مع المحتل خيانة، والخيانة لا تقبل تبريراً تحت أية ذريعة".