تأسس تنظيم "القاعدة" نهاية الثمانينات من العرب الذين شاركوا في الجهاد الأفغاني. وكان الهدف، كما يقول منتسبون سابقون الى هذا التنظيم، جمع الأفغان العرب في جماعة تنتشر في البلدان العربية وتسعى الى إقامة حكم إسلامي فيها. ويصف جمال أحمد الفضل، "أبو بكر السوداني"، هذا التنظيم الذي انضم الى صفوفه نهاية الثمانينات حتى 1996 بأنه يُشبه الهرم. فعلى رأسه "الأمير العام" أسامة بن لادن. وتحته مباشرة "أمير القاعدة" وهو منصب تولاه ناشط بارز من الأفغان العرب يدعى "أبو أيوب العراقي". وكان من ضمن مؤسسي التنظيم عدد من الإسلاميين من دول عدة، بينهم: أبو أيوب العراقي، ابو عبيدة البنشيري علي الرشيدي، أبو فرج اليمني، الدكتور أيمن الظواهري المعروف باسم "عبدالمعز" زعيم "جماعة الجهاد" المصرية، الدكتور فضل المصري سيد إمام، وهو زعيم "جماعة الجهاد" قبل تولي الظواهري هذا المنصب، أبو برهان الكبير، أبو حفص المصري الكبير محمد عاطف، ابو مصعب السعودي، عزالدين السعودي. شارك العديد من هؤلاء في أوقات مختلفة في عضوية مجلس شورى "القاعدة"، وهو أعلى هيئة قيادية تخضع ل "الأمير العام" مباشرة. وبين أعضاء هذا المجلس الذي يضم 31: ابو حفص المصري، الدكتور عبدالمعز أيمن الظواهري، أبو ابراهيم العراقي، الدكتور فضل المصري، ابو فرج اليمني، ابو فضل المكي، الشيخ سيد المصري، قاري السعيد الجزائري، ابو ايوب العراقي، خليفة المسقط العُماني، سيف الليبي، ابو برهان العراقي، ابو محمد السعودي سعد الشريف. وتحت مجلس الشورى كانت هناك لجان منها: { لجنة الشؤون العسكرية وتتولى الإشراف على عمليات التدريب في معسكرات "القاعدة". وقاد اللجنة ابو عبيدة البنشيري حتى غرقه في بحيرة فيكتوريا في تنزانيا عام 1996. تحت ابو عبيدة البنشيري مباشرة وخليفته ابو حفص المصري، سيف الإسلام المصري وابو حفص المنصوري من مدينة المنصورة في مصر وابو خالد المدني. { لجنة المال والأعمال وتتولى الإشراف على أموال "القاعدة" وتجارات التنظيم. وكان يتولى مسؤوليتها ابو فضل المكي وابو همام السعودي. وتحت لجنة المال كانت هناك لجنة أخرى مكتب تُعنى بتسهيل مهمات السفر لأفراد "القاعدة": تزوير تأشيرات الدخول وجوازات السفر وتأمين تذاكر سفر. وكان يعمل في المكتب "حمزة الليبي" يعاونه "ابو ياسر الجزائري" يُعرف أيضاً باسم "ابو ياسر الصغير" و"ابو عبدالصبور". { لجنة الافتاء والدراسات الإسلامية وتضم سعد الشريف ابو محمد السعودي وابو فرج اليمني وابو قتادة وابو هاجر والدكتور فضل المصري والدكتور عبدالمعز. { لجنة الإعلام وتتولى إصدار جريدة يُشرف عليها شخص ملقّب ب "أبو مصعب رويتر". وأصدر هذا الرجل النشرة اليومية "نشرة الأخبار"، وكان مقرها مدينة حياة آباد على الحدود الباكستانية - الأفغانية.