تقوم إدارة هيئة الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر بإدارة التوجيه والإرشاد بالرئاسة العامة لشئون المسجد النبوي الشريف بالمدينة المنورة بمهام الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر وذلك بتقديم النصح والإرشادات للزوار داخل المسجد النبوي الشريف حيث يقوم المراقبون فيها بتوجيه الزائرين إلى طرق الزيارة الشرعية الصحيحة وتنظيم جموع الزوار الذين يرغبون السلام على الرسول صلى الله عليه وسلم وصاحبيه رضي الله عنهما وتوجيههم إلى الرواق القبلي الممتد من باب السلام إلى باب البقيع ليستمر سير هذه الجموع بشكل منظم فإذا أدوا السلام خرجوا من باب البقيع أو من باب جبريل . ويقوم على هذا التنظيم والترتيب عدد كبيرة من أعضاء الهيئة والمراقبين ورجال الأمن لتسهيل الحركة والتيسير على كبار السن والعاجزين عن الحركة من الرجال كما تقوم بالإشراف الديني على المسجد النبوي من الداخل ويشمل الروضة الشريفة ومحيط الحجرة النبوية ومحراب الرسول ومنع المخالفات الشرعية إن وجدت . كما تقوم الإدارة بالتوجيه والإرشاد في ساحات المسجد النبوي وتسهيل وصول النساء إلى المكان المخصص لهنّ داخل المسجد النبوي وفي ساحاته من خلال عدد من المترجمين من طلاب الكليات والدراسات العليا المتعاقد معهم لمساعدة رجال الهيئة في النصح والتوجيه للزوار .