استنكرت حركة المقاومة الفلسطينية "حماس" الحكم الصادر بمصر باعتبار جناحها العسكري، كتائب عزالدين القسام، منظمة إرهابية، معتبرة أنه "انقلاب على تاريخ مصر وأخلاقها" كاشفة أنها قد سبق لها التعاون مع المخابرات المصرية في "ملفات شائكة" بكل نجاح، ورأت في ما تتعرض له حاليا "حملة شيطنة" تستهدفها. وفي هذا السياق، اعتبر موسى أبو مرزوق، عضو المكتب السياسي لحركة المقاومة الإسلامية "حماس"، أن الحكم "انقلاب على التاريخ وأخلاق مصر ومبادئها التي وقفت إلى جانب حركات التحرر في العالم على مدار التاريخ" مضيفا على صفحته الرسمية بموقع فيسبوك: "لقد سجل التاريخ لكتائب القسام تعاملها الراقي والحضاري مع المخابرات المصرية؛ حين تعاونت معها بملفات شائكة، وكان النجاح حليفهما دون غدر أو سوء طوية، فهل أصبحت اليوم إرهابية؟". وأضاف: "في سابقة هي الأولى من نوعها، تدرج محكمة القاهرة للأمور المستعجلة، كتائب القسام كمنظمة إرهابية... لأول مرة في العالم العربي والإسلامي ومعظم دول العالم باستثناء إسرائيل ومن أوجدها ومن يدعمها في الغرب، تدان المقاومة الفلسطينية". وقال ابو مرزوق: "معظم دول العالم، وخاصة العالم العربي والإسلامي، تقف إلى جوار المقاومة دعماً وتأييداً، وهذا ما كنا نتوقعه من مصر، والتي عانت من إرهاب الكيان الصهيوني، وأية معاناة!، فقد استهدفت (إسرائيل) المدنيين في بحر البقر ومدن القناة، وقتلت الآلاف من جنود مصر الشهداء، بما فيهم المئات من الأسرى في سيناء". وتابع بالقول: "سجل التاريخ لكتائب القسام أنها لم تستهدف ببندقيتها أيًّا من أبناء أمتنا ولا شعبنا، وخاصة في حق الشقيقة الكبرى مصر، لا جيشها، ولا رجال أمنها، ولم تتدخل في شئونها الداخلية قط.. وأضاف: "لم يثبت في حق كتائب القسام حادثة واحدة، أو رصاصة واحدة في أي اتجاه خاطئ، ولعل أحداث غزة 2007 والفتنة الداخلية التي حصلت كانت استثناءً أجبرت عليه الكتائب في دفاعها المشروع عن النفس والمقاومة ومشروعها في تحرير أرضها". أما الناطق باسم حماس، سامي أبو زهري، فقال إن القرار "مسيس وخطير ولا يخدم إلا الاحتلال الصهيوني" كما نفى الناطق الآخر باسم الحركة، فوزي برهوم، الاتهامات بتورط الحركة في هجمات سيناء قائلا: "لا علاقة لحركة حماس، أو لقطاع غزة، بالأحداث التي جرت في سيناء، أو في أي مكان في مصر" واضعا الاتهامات في إطار "شيطنة الحركة".