كشفت وثائق "ويكيليكس" عن وجود تعاونٍ وثيقٍ بين المدير العام لقناة الجزيرة وضاخ خنفر ووكالة الاستخبارات العسكرية الأمريكية DIA ، وعن تلقِّي الإعلامي الفلسطيني تقارير شهرية من الوكالة عن أداء "الجزيرة" في تغطية الأحداث المرتبطة بأمريكا ومصالحها. ويعود تاريخ الوثائق المنشورة إلى 20 أكتوبر 2005، وتكشفت عن تعاون وتنسيق دوريين بين وكالة الاستخبارات العسكرية والمدير العام ل"الجزيرة" من خلال مسئولة الشئون العامة الأمريكية. وتشير الوثائق إلى أنّ خنفر تعهّد بتقديم ردود مكتوبة على دواعي القلق الأمريكية، مؤكدًا للمسئولة أنّ أحدث المواضيع التي تثير قلق واشنطن في موقع القناة قد تَمّ تشذيبها وتهدئة لهجتها وأنه سوف يزيلها خلال يومين أو ثلاثة. وأوضحت الوثيقة أنّ خنفر أخبر خلال اللقاء المسئولة الأمريكية أنّه استلم مؤخرًا نسخًا أصلية عن قصاصات من تقارير وكالة الاستخبارات العسكرية حول تغطية القناة لشهري يوليو وأغسطس من تلك الفترة بواسطة وزارة الخارجية القطرية وكان يتأهّب لتحضير رد مكتوب لهم. ولفتت الوثائق إلى أنّ مسئولة الشؤون العامة اشتكت لخنفر بأنّه رغم انخفاض التغطية السلبية بشكل عام للأنباء الخاصة بالولاياتالمتحدة على القناة القطرية منذ فبراير من ذلك العام إلا أنه ظهر في شهر سبتمبر زيادة مزعجة في مثل هذه البرامج، معتبرةً أنه مازالت هناك مشاكل فيما يتعلق بازدواجية المصادر في العراق واستخدام الأشرطة التي تتحدث خلالها شخصيات تعتبرها الولاياتالمتحدة إرهابية. وبرّر خنفر مواقف مناهضة للولايات المتحدة خلال برامج القناة قائلاً: إن الجزيرة قد لا تستطيع موازنة تعليق أو موقف صدر عن شخص واحدٍ ضدّ الولاياتالمتحدة فورًا، ولكنها ستعوض ذلك فيما بعد في نفس البرنامج أو خلال نفس الفترة. وردًّا على شكوى المسئولة بشأن استخدام ما اعتبرته لهجة تصعيدية ضدّ واشنطن أكّد خنفر لها أنه لا يسمح لأي موقف في الجزيرة باستخدام لغة مشحونة ضد الولاياتالمتحدة. وأشارت الوثيقة إلى أنّ خنفر طلب من المسئولة عدم الكشف عن التعاون السري بينَه وبين الوكالة الأمريكية لأنّ الجزيرة باعتبارها مؤسسة إخبارية لا تستطيع توقيع اتفاقيات من هذا النوع وذلك تعليقًا على بند في تقرير الاستخبارات الأمريكية يكشف وجود اتفاق بين الجزيرة ومسئولين أمريكيين.