أعلنت قناة الجزيرة الفضائية، عن تعيين الشيخ أحمد بن جاسم آل ثاني مديرا للمحطة التي تمولها الحكومة القطرية، خلفا لمديرها السابق وضاح خنفر، والذي أثارت استقالته تساؤلات عن مدى استقلالية القناة. وكان خنفر استقال من منصبه الثلاثاء، في رسالة بعث بها إلى العاملين في المحطة، قال فيها إنه خلال ثماني سنوات من عمله في المحطة أقسم على أن يحافظ على "غرفة أخبار مستقلة تحترم عقول المشاهدين وتنحاز إلى وعيهم الجمعي بمهنية ومسؤولية." غير أن برقية دبلوماسية أمريكية مسربة تحمل تاريخ أكتوبر/تشرين أول من عام 2005، قالت إن "خنفر وافق تحت ضغوط من المسؤولة الإعلامية بالسفارة الأمريكية في قطر على تخفيف حدة تغطية الجزيرة للحرب على العراق." ويعتقد على نطاق واسع أن استقالة خنفر، والتي لم يبد في رسالته أسبابها، جاءت على خلفية نشر البرقية المسربة. لكن وضاح في رسالته التي نشرت على موقع الجزيرة، أشار إلى عدم رضى الولاياتالمتحدة عن تغطية القناة، وقال: "استطعنا أن نصل ببث الشبكة إلى مئات الملايين حول العالم، بما فيها الولاياتالمتحدة التي اتهم وزير دفاعها السابق الجزيرة بأنها كاذبة وشريرة، والتي عادت وزيرة خارجية إدارتها الحالية لتشيد بتغطيتها وتصفها بأنها تقدم أخبارا حقيقة." وفي تقرير نشرته على موقعها الإلكتروني، نقلت الجزيرة عن خنفر قوله حول علاقة استقالته بتسريبات ويكيليكس، إنه "آثر في الفترة الماضية عدم التعليق على هذا الموضوع لأنه اختير من بعض الجهات التي ركزت على وثيقة واحدة." وأضاف قائلا: "اسمي تردد في ويكيليكس أكثر من 420 مرة، وعلى الذين يريدون أن يعرفوا ما قاله ويكيليكس أن يعودوا إليه، فالوثائق كلها موجودة." ويضيف المدير العام السابق أن تلك الوثيقة مرتبطة بلقاء جمعه "بمسؤولة في السفارة الأمريكية، وقال: "مكتبي كان مفتوحا للجميع، وقد استقبلت رؤساء دول ومسؤولين ووزراء خارجية، وتلقينا شكاوى من الجميع من الصين والهند ودول أفريقية، وكنا ننظر في هذه الشكاوى، ونتعاون بشأن ما كان وجيها منها، ونهمل ما كان منها مرتبطا بالضغط السياسي." غير أن البرقية التي أرسلها السفير الأمريكي تشيس أنترماير، ونشرت نصها صحيفة "نيويورك تايمز،" أشارت إلى أن مسؤولا بالسفارة الأمريكية سلم خنفر نسخا من تقارير وكالة الاستخبارات الأمريكية تستعرض ثلاثة أشهر من تغطية الجزيرة للحرب على العراق. وقالت الصحيفة إن خنفر "حث المسؤولين الأمريكيين على إبقاء تعاونه معهم من وراء الكواليس سرا،" واعترض على وضع اتفاق مكتوب للتعاون بين الجزيرة والولاياتالمتحدة، قائلا: "إن الاتفاق يجب أن لا يكون على الورق.