وجه المرشد الإيراني، علي خامنئي، انتقادات حادة ومباشرة للسعودية، متهماً إياها بالتدخل العسكري في البحرين تحت غطاء قوات "درع الجزيرة،" وسعى خامنئي لنفي البعد الطائفي عن تحرك المعارضة البحرينية، مشيراً إلى أن بلاده لا تدعم الشيعة في البحرين لأسباب مذهبية، بدليل أنها تدعم القضية الفلسطينية على حد تعبيره. وقال خامنئي، في كلمة ألقاها بمدينة مشهد في احتفالات عيد رأس السنة الفارسية "نوروز،" إن إيران "تقف إلى جانب ثورة الليبيين وترفض القمع" الذي يمارسه نظام العقيد معمر القذافي، ولم يفته انتقاد أمريكا التي قال إنها دافعت عن القذافي "حتى اللحظة الأخيرة ثم تخلوا عنه بعد كل خدماته عندما تفوقت إرادة الشعب." ووفقا لشبكة سي إن إن الأمريكية اعتبر خامنئي، الذي تخوض بلاده مواجهة سياسية كبيرة مع الغرب بسبب ملفها النووي المثير للجدل، أن أكبر الخدمات التي قدمها لقذافي للغرب كانت "تخليه عن الطاقة النووية المدنية". وأضاف خامنئي الشعب الأمريكي نفسه إلى قائمة الشعوب التي قال إنها تواجه معاناة كبيرة، فقال إن الأمريكيين يرزحون تحت وطأة أزمة اقتصادية حادة، بينما ينفق الرئيس باراك أوباما المليارات من أموال الشعب على الشركات والبنوك. وحول الاحتجاجات في البحرين، أدان خامنئي ما وصفه ب"التدخل العسكري السعودي،" ورأى أنه كان "خطأً كبيراً،" واعتبر أن "مطالب الشعب البحريني لا تختلف عن مطالب الثورة التونسية والمصرية،" وسأل: "ما الغريب في أن يطالب الشعب البحريني بحق الانتخاب؟" وزعم خامنئي أن بلاده "لا تفرق بين الشيعة والسنة وتؤيد جميع التحركات الشعبية التي تطالب بنيل حقوقها المشروعة،" وأضاف: "إيران تدعم - ومنذ انتصار الثورة الإسلامية - القضية الفلسطينية، فمتى كان الفلسطينيون من الشيعة؟" ونفلت وكالة فارس الإيرانية شبه الرسمية عن خامنئي قوله "الحوادث المرة التي تشهدها بعض الدول إزاء الشعوب، ما يجري بالبحرين واليمن وليبيا سلبت منا حلاوة العيد، وتمنع الإنسان من الشعور بالفرح والسرور بشكل كامل." وختم بالقول: "ابتهل إلى الله أن يتفضل على هذه الشعوب بالفرج العاجل وإنزال عقابه العادل بحق أعداء الشعوب." يشار إلى أن المعارضة الإيرانية التي خاضت مواجهات في الشارع منذ عام 2009 مع السلطات احتجاجاً على نتائج الانتخابات الرئاسية التي أعادت الرئيس محمود أحمدي نجاد إلى السلطة لولاية جديدة، كانت قد نددت بمواقف طهران بدعم الاحتجاجات في الدول العربية من جهة، وقمع المطالب الشعبية على أراضيها من جهة أخرى، على حد تعبيرها. وقد منعت السلطات الإيرانية المعارضة من تنظيم مسيرات في الشارع لدعم الانتفاضات العربية، وذلك عبر رفض منحها التراخيص الضرورية، وتقول أوساط المعارضة إن العديد من قادتها، بمن فيهم مير حسين موسوي ومهدي كروبي هما قيد الاعتقال أو الإقامة الجبرية.