اشتعلت الأزمة بين مصر والفاتيكان على خلفية تصريحات للبابا بنديكت السادس عشر طالب فيها بحماية الأقلية المسيحية في مصر, حيث أعلنت وزارة الخارجية المصرية, مساء الثلاثاء 11 يناير 2011, استدعاء سفيرتها في الفاتيكان السفيرة لمياء مخيمر للتشاور. وقال السفير حسام زكي، المتحدث الرسمي باسم وزارة الخارجية المصرية، إن هذا الاستدعاء يأتي على خلفية تصريحات جديدة صادرة عن الفاتيكان تمس بالشأن المصري، وتعتبرها مصر تدخلاًَ غير مقبول في شؤونها الداخلية، وذلك على الرغم من حرص القاهرة على التواصل مع الفاتيكان بعد التصريحات التي صدرت عنه في أعقاب الحادث الإرهابي في الإسكندرية مطلع الشهر الحالي. وأشار زكي إلى أن وزير الخارجية أحمد أبو الغيط كان قد فند في رسالة لنظيره في دولة الفاتيكان عدة أمور تضمنتها التصريحات الصادرة عن الفاتيكان، ومست وضع الأقباط في مصر والعلاقة بين المسلمين والأقباط، كما رفض فيها أي مساعٍٍ تتم استناداً إلى جريمة الإسكندرية بهدف الترويج لما يسمى حماية المسيحيين في الشرق الأوسط. وأضاف أن رسالة الوزير المصري تناولت حرص مصر على تفادي تصعيد المواجهة والتوتر على أسس دينية ورغبة مصر في الاستفادة من سبل الحوار المتاحة، وحث مسؤولي الفاتيكان على الالتزام بذات الروح وتفادي إقحام الشأن المصري في تصريحاتهم والاتصالات التي يقومون بها مع بعض الدول الأوروبية. وأكد زكي مجدداً أن مصر لن تسمح لأي طرف غير مصري بالتدخل في شؤونها الداخلية تحت أي ذريعة، مشدداً على أن الشأن القبطي تحديداً يظل من صميم الشؤون الداخلية المصرية في ضوء طبيعة التركيبة المجتمعية والنسيج الوطني في مصر. من جهته, عبَّر شيخ الأزهر الدكتور أحمد الطيب عن رفضه التدخل في الشؤون الداخلية للدول العربية والإسلامية, معتبرا أن تصريحات بابا الفاتيكان حول حماية الأقليات المسيحية في دول الشرق الأوسط تعني أن مهمة حماية هؤلاء مسؤولية دولهم باعتبارهم مواطنين لهم كافة الحقوق, وفقا لبيان صدر عن مشيخة الأزهر الثلاثاء 11 يناير.
