يتميز معهد خادم الحرمين الشريفين بوقوعه داخل دائرة الحج والعمرة، وتحظى البحوث والدراسات التي تجرى بين جنباته والمتعلقة بالحج والعمرة باهتمام ولاة الأمر، واهتمام القائمين على الجامعة، وتمثل مكةالمكرمة التي تحتضن المسجد الحرام المركز الذي تنطلق منه أعمال الحج والعمرة ابتداء من طواف القدوم وانتهاء بطواف الوداع، والمدينة المنورة والتي يحرص معظم الحجاج والمعتمرين على زيارتها، إلى جانب المشاعر المقدسة بيئة الحج والعمرة، وعلى الرغم من ما توفره الدولة من دعم مادي ومعنوي كبير لتوفير وتحسين الخدمات والمرافق للحفاظ على أمن وسلامة الحجاج والزوار والمعتمرين إلا أنها تعاني من المتغيرات المتسارعة والتي يأتي في مقدمتها الزيادة المستمرة في أعداد الحجاج والمعتمرين، والتقلبات الاقتصادية مما يؤكد الحاجة إلى العديد من الدراسات والأبحاث العلمية المكثفة للتعامل مع هذه المتغيرات وخصوصا في الجوانب الإدارية والعمرانية والصحية والخدمية والإنسانية. ويسعى المعهد من خلال عمله الدؤوب في مجال البحث العلمي لتحقيق: تأسيس بنك معلومات عن الحج ليكون مرجعا علمياً شاملاً لمختلف أنواع الإحصائيات والحقائق، وبالتالي عمل نموذج محاكاة حسابي لمختلف عمليات الحج مما يساعد كثيراً على التخطيط. إضافة إلى بناء سجل تاريخي متكامل بالدراسات والوثائق والصور والأفلام والخرائط والمخطوطات التاريخية للحج ومكةالمكرمة والمدينة المنورة ليكون مرجعا علمياً تاريخيا ثابتاً، أخيراً المحافظة على البيئة الطبيعية كما خلقها الله تعالى في المناطق المقدسة والمحافظة على البيئة الإسلامية بمكةالمكرمة والمدينة المنورة. وخلال العقود الماضية نفذ المعهد العديد من الدراسات والأبحاث التي اهتمت بدراسة البيئة الصحية في الحج والعمرة من خلال دراسة الأمراض المعدية بين الحجاج ومنع انتشارها، ودراسة الرخص الشرعية ودورها في تخفيف الزحام، ودراسة الآثار النفسية للزحام على الحجاج، ودراسات الحركة والنقل في مكةالمكرمة والمدينة المنورة والمشاعر المقدسة وخصوصاً النقل العام إضافة إلى دراسة الخدمات في المنطقة المركزية ودراسات الإسكان في مشعر منى، كما اهتم المعهد بالدراسات البيئية المختلفة والتي اشتملت على دراسة تلوث الهواء في مكة والمدينة والمشاعر المقدسة وكذلك تلوث الأطعمة والتي تهدف إلى الحفاظ على صحة الحجاج والمعتمرين. وقدم المعهد العديد من المقترحات التي ساعدت الجهات الحكومية على تنفيذ خططها والتي من أهمها تطوير المجازر الآلية، ومشروع النقل بالحافلات الترددية، والمساهمة في تطوير منطقة وجسر الجمرات بالإضافة إلى تطوير الخطط التشغيلية لأماكن الزحام في مكةالمكرمة والمشاعر المقدسة. كما قدم المعهد خدماته الاستشارية والبحثية لعدد كبير من الوزارات والأجهزة الحكومية والمؤسسات الأهلية من خلال الدراسات الممولة. ويزخر معهد خادم الحرمين الشريفين لأبحاث الحج بالخبرات الوطنية المؤهلة والكم الهائل من المعلومات المحدثة التي تم جمعها من خلال الأبحاث والدراسات التي تسعى لتحسين بيئة الحج والعمرة، ويعد المعهد المرجع الوحيد على مستوى المملكة والعالم في كل ما يخص الحج والعمرة.