بدأت إسرائيل في محاولة الاستفادة من علاقاتها مع جنوب السودان وسعت لاستقطاب الدولة الوليدة إلى جانبها، وطالبتها برفض الاعتراف بفلسطين في الأممالمتحدة، وأشارت مصادر مطلعة إلى أن نائب وزير الخارجية الإسرائيلي داني أيالون طلب رسمياً من جنوب السودان عدم التصويت لصالح الطلب الفلسطيني في الأممالمتحدة، مذكراً إياهم بما قدمته لهم إسرائيل خلال حربهم مع الخرطوم من دعم مادي وعسكري، إضافة إلى إرسال العديد من خبرائها الزراعيين والأطباء من أجل بناء هذه الدولة. وفي سياق متصل حذر حزب المؤتمر الوطني الحاكم في الخرطوم من تداعيات العلاقة بين إسرائيل وجنوب السودان، واصفاً إعلان الدولتين عن بدء علاقات دبلوماسية بينهما بأنه "خطر على العرب والمنطقة برمتها"، وقال القيادي في الحزب ربيع عبد العاطي: "نحن لا نخشى من تأثير هذه العلاقات على السودان وحده، وإنما على العرب والمسلمين في كل مكان، وفي أفريقيا بوجه خاص، فهذا خطر عظيم يتهدَّد المنطقة برمتها، سبق أن نبَّهنا لذلك منذ وقت بعيد دون أن نجد آذاناً صاغية، والعون الذي قُدِّم إلينا لم يكن بمستوى التحدي، العالم العربي والإسلامي لم يقدِّم ما يمكن أن يوقف هذه المخطَّطات". من جانب آخر قالت مصادر من العاصمة الإثيوبية أديس أبابا إن المفاوضات بين وفد الحكومة السودانية والجنوبيين قد بدأت أمس لمناقشة القضايا التي لا تزال عالقة بين الطرفين وفي مقدمتها العملة والنفط والحدود وقضية أبيي. وأشارت المصادر إلى اتفاق الجانبين على نشر 300 جندي إثيوبي من قوات الأممالمتحدة لمراقبة الحدود ورصد وتسوية أي مشكلة قد تطرأ. وامتدح الموفد الخاص للولايات المتحدة في السودان برينستون ليمان الاتفاق قائلاً: "إنه اتفاق هام جداً لأنه يخص أحد المواضيع الأكثر حساسية بين البلدين، وسيوفر ذلك آلية استقرار".