تعيش الحركات الإسلامية في مصر هذه الأيام حالة من الصراع الداخلي فيما يتعلق بعلاقات القيادات التاريخية بعضها ببعض أوعلى صعيد العلاقات بين الأجيال المختلفة داخل تلك الحركات والتي ظلت لفترات طويلة أشبه ببيوت الكهنة الفرعونية والتي لا يعرف أحد حقيقة ما يجري داخلها. فعلى صعيد الجماعة الإسلامية، قرر رئيس مجلس شورى الجماعة كرم زهدي،ومنظر الجماعة الدكتور ناجح إبراهيم "التخلي نهائيًا وإلى الأبد عن مسؤوليتهما في قيادة الجماعة، والتفرغ للعمل الدعوي بالمساجد". وعلى الرغم من محاولات البعض الربط بين استقالة زهدي وناجح وبين ما تردد عن تراجع الجماعة الإسلامية، في مرحلة ما بعد الإفراج عن عبود وطارق الزمر، عن مبادرة نبذ العنف، إلا أن زهدي أكد أن "التراجع عن مبادرة نبذ العنف أمر غير وارد وخاصة أن ما قامت به الجماعة الإسلامية يعد مراجعة فكرية فقهية تستند إلى الشريعة الإسلامية التي تحرم استخدام العنف سواء ضد الحاكم أو ضد المواطنين العاديين"، مشيراً إلى أن "مراجعات الجماعة الإسلامية تعد مرجعاً للأجيال الجديدة من عناصر الجماعة، وهي مراجعات موثقة بأسانيد شرعية تم تضمينها في أكثر من 70 كتاباً وكتيباً". وقال زهدي إنه يترك القيادة بعد أن "حصلت الجماعة الإسلامية علي حقوقها وانتهت كل أزماتها وأصبحت على خير حال،" مرجعاً قراره بالاستقالة إلى رغبته بترك الفرصة للشباب، لكنه لم ينكر وجود اختلافات بوجهات النظر داخل الجماعة. لكنه قال إن "تلك الاختلافات هي اختلافات في التفاصيل لكنها لا تتعلق بفكرة التراجع عن نبذ العنف أو رفض الخروج على الحاكم". ورفض الدكتور ناجح إبراهيم الدخول في أية تفاصيل تتعلق بطبيعة تلك الاختلافات مرجعاً استقالته إلى إدراكه أن هذا الزمن ليس زمنه في المسؤولية وليس الوقت المناسب للبقاء فيها أو للترشح لها أو حتى لقبولها إذا جاءت إليه مرة أخرى أو العودة إليها طيلة حياته. من جهته، يرى الباحث المتخصص في شؤون الحركات الإسلامية،حسام تمام، أن "هناك أربعة أجيال غير ممثلة في الجماعة حيث انقطعت عن الجماعة في الفترة ما بين 1981 وحتى 2010"، مشيراً إلى أن "الأقرب لأعضاء الجماعة والذين يقدر عددهم بحوالي 20 ألفا، بينهم 14 ألفا خرجوا من السجون، الانضمام إلى حزب العمل لو أعيدت هيكلة الحزب وفق المشروع الذي كان يحلم به الراحل عادل حسين، وهو المشروع الذي كان يقوم على أساس تسييس أعضاء الجماعة الإسلامية والجهاد". أما داخل جماعة الإخوان المسلمين، فشهدت الفترة الماضية صراعاً مكتوماً خرج للعلن في صيغة الحديث عن استقالة القيادي البارز بالجماعة، من عضويتها الدكتور عبد المنعم أبو الفتوح، وهي الاستقالة التي سرعان ما تم التراجع عن الحديث عنها ونفيها، وبغض النظر عن صحة الاستقالة أو عدمها، فإنها عكست قدراً كبيراً من الصراع المكتوم داخل الجماعة، وهو ما تمثل في إعلان الدكتور إبراهيم الزعفراني القيادي الإصلاحي، مؤيدًا من الدكتور أبو الفتوح، على المضي قدمًا في خطته لتأسيس حزب سياسي جديد باسم "النهضة" يضم عددا كبيرًا من العناصر الإصلاحية داخل الجماعة، وهو ما وصفته مصادر من داخل الجماعة، في تصريحات إلى "الوطن" بأنه "يمثل خروجاً على تهديدات المرشد العام للجماعة الدكتور محمد بديع بفصل أي عضو ينضم لأي حزب آخر باستثناء حزب الحرية والعدالة الذي أوكلت مهمة تأسيسه للدكتور محمد سعد الكتاتني عضو مكتب الإرشاد". وهو الحزب الذي أكد بديع أنه وحده "الحزب المعبر عن الإخوان المسلمين". ومن الحركات الإسلامية إلى الأحزاب السياسية، حيث شهد حزب العمل صراعاً علنياً بعد إعلان الأمين العام للحزب مجدي أحمد حسين، ترشحه لرئاسة مصر، وهو الترشح الذي رفضه المكتب السياسي للحزب واتهم فيه مجدي علانية بالسعي إلى "افتعال خلافات مصطنعة للانفراد بقيادة الحزب متطلعًا لتنصيب نفسه رئيسا للحزب محاولاً- دون حق- الإمساك بصلاحيات مخالفة للعرف الديموقراطي وقواعد المؤسسة".