أصيب الأقباط في مصر بصدمة عقب إعلان فوز المرشح محمد مرسي بالرئاسة، وتنتاب الكثيرين منهم هواجس على خلفية الرئيس الإسلامي الجديد، إلا أن ردود أفعالهم وتوقعاتهم تباينت على مستقبل العلاقة بينهم وبين الحكومة القادمة، فبينما يؤكد البعض تعرضهم لمزيد من المضايقات والتعنت، يهوِّن البعض من هذه المخاوف، مؤكداً أن مرسي أذكى من أن يتعمد إثارة مشكلات مع الأقليات، لأنه يسعى للنجاح حتى يضمن مستقبلاً أفضل لحزبه. استهل الناشط الحقوقي القبطي نجيب جبرائيل حديثه بدعوة الرئيس المنتخب إلى تلبية عدد من مطالب الأقباط حتى يتعاونوا معه. وكان قد قال في بيان أصدره فور النتائج الرسمية "تعاون الأقباط مع مرسي يتوقف على رؤيته لمطالب المواطنة التي ينبغي أن تتحقق على أرض الواقع، وأبرزها الإسراع في إصدار قانون بناء موحد لدور العبادة يكفل قواعد المساواة في بناء الكنائس والمساجد، وإصدار قانون يجرم التمييز على أساس الدين في الوظائف العامة، وتعيين نائب قبطي لرئيس الجمهورية كما وعد، وتمثيل الأقليات في الحكومة الجديدة تمثيلاً مناسباً". أما الناشط وسيم وليام فكان أكثر تشاؤماً عندما قال "انهرت عند سماع النتيجة. لم يكن ذلك متوقعاً، بل كنا نعتقد أنه بعد الثورة ستصبح مصر دولة مدنية وليس دولة يتحكم فيها فصيل سياسي واحد يسيطر على الرئاسة والبرلمان. وما يزيد المخاوف هو أنهم سيسيطرون مجدداً على مجلس الشعب إذا أجريت انتخابات جديدة". وأضاف "هناك مخاوف كبيرة في أوساط الأقباط. فإذا لم نكن نحصل على حقوقنا أيام مبارك فما بالك بعد فوز الإخوان؟". ويختم حديثه بالقول أتوقع أن تزداد المشكلات التي نواجهها وخصوصاً القيود على بناء الكنائس، وأن يكون التمييز علنيا ونمنع من التعيين في المناصب العليا في الدولة". وفي الجانب المقابل قلَّل الكاتب والباحث القبطي سمير مرقص من هذه المخاوف قائلاً "لا أشعر شخصياً بالقلق، والمصريون سيتعايشون مسلمين وأقباط، لأن المشهد السياسي تغير بعد الثورة وتم تفكيك القبضة الأمنية للدولة، ولم يعد هناك حزب حاكم متحكِّم وبالتالي فالأبواب باتت مشرعة أمامنا للمشاركة في عملية سياسية مفتوحة". وأضاف "إذا كان الأقباط يريدون دولة مدنية فعليهم أن يمارسوا العمل السياسي والأهلي كمواطنين، وأن يصروا على الاندماج مع بقية الشعب، لأن المطالبة بحقوق الأقباط فقط هو تكريس لفكرة الدولة الدينية".