أكدت وزارة الشؤون الدينية التونسية بخصوص الخلاف القائم مع مشيخة جامع الزيتونة المعمور أنها أوفدت لجنة مكلفة من قبلها الى جامع الزيتونة مدعومة بالقوة العامة في إطار إحكام سير الجامع وتأمين عمل الاطارات الدينية المكلفة من الوزارة وسعيها الى تفعيل النشاط الديني والدروس العلمية بجامع الزيتونة خلال شهر رمضان المبارك، غير أن حسين العبيدي قد اعترضها وأغلق أبواب الجامع في وجهها ومنع الجميع من الدخول مستعينا في ذلك بمجموعة كانت معه. وقالت الوزارة أن الخلاف مع الشيخ حسين العبيدي هو خلاف قانوني تحديدا وليس شخصيا مع اي من مسئولي الوزارة أو منظوريها مؤكدة أنها تجنبت مرارا الدخول في سجال أو الردّ على بعض الاتهامات الموجهة إليها في أكثر من موضع قائلة في بيان لها إنّه لا صحة في أن الوزارة تنوي تعطيل أنشطة الجامع أو غلقه وفق رواية الوزارة. وأن الخلاف القانوني هو حول تسيير الجامع المعمور وليس حول التعليم الزيتوني لأنّ الوزارة ناصرت وتُناصر عودة التعليم الزيتوني منذ البداية وهي تذكر أنها عقدت بالاشتراك مع وزارتي التربية والتعليم العالي ندوة وطنية حول "سُبل استئناف التعليم الزيتوني" في سبتمبر الماضي في انتظار عقد مؤتمر وطني للغرض. وكان حزب الأمان قد دعا إلى احترام استقلالية مؤسسة الزيتونة وتحييدها عن التجاذبات السياسية كما دعا أيضا المجلس الوطني التأسيسي الى منح هذه المؤسسة "الاستقلالية المعنوية" وصياغة استراتيجية وطنية لنشر وتكريس الفكر الزيتوني. وطالب الحزب في بيان له بإعادة التعليم الزيتوني الأصلي الذي انقطع منذ سنة 1964 معبّرا عن شجبه لمحاولة استبدال الفكر الزيتوني المسامح داعيا إلى تغليب المبادئ الزيتونية واستبعاد الأئمة الغلاة المكفرين والمفتنين عنهم والداعين إلى القتل تحت مسميات الجهاد عن المنابر. ويعد جامع الزيتونة أول جامعة في العالم الإسلامي، وهو أقدم جامع في تونس بعد المسجد الجامع في القيروان ويعد ثاني الجوامع التي بنيت في "أفريقية" بعد جامع عقبة بن نافع في القيروان، ويرجح المؤرخون أن من أمر ببنائه هو حسان بن النعمان عام 79 ه.