مازالت مسألة نمط نظام الحكم في تونس الذي سيتم إقراره في صلب الدستور الجديد محل خلاف بين حركة النهضة وبقية الأحزاب وكذلك طريقة انتخاب رئيس الجمهورية وتوزيع الصلاحيات بين رئيس الحكومة ورئيس الجمهورية. ففي الوقت الذي يدفع فيه نواب حركة النهضة وبعض مسانديهم الى اعتماد نظام "برلماني صرف" وانتخاب رئيس الجمهورية من قبل البرلمان تدفع بقية الأحزاب ويشاطرها في ذلك جل منظمات المجتمع المدني الى نمط وسطي لنظام الحكم "نظام مختلط أو رئاسي معدل أو برلماني معدل" ورئيس ينتخب مباشرة من الشعب ضمانة لعدم احتكار المجلس النيابي للشرعية الانتخابية. إذ ترى هذه الأطراف أن في إقرار مبدأ انتخاب رئيس الجمهورية من قبل البرلمان مخاطر حقيقية تكمن أساسا في إمكانية هيمنة حزب سياسي على السلطتين التنفيذية والتشريعية وربما بعض السلط والهيئات الأخرى. وأوضح رئيس لجنة السلطة التشريعية والسلطة التنفيذية والعلاقة بينهما عمر الشتيوي أنه بالرغم من هذا الخلاف فإن إمكانية التوافق بين الأحزاب واردة جدا لأن الحوار الاستراتيجي لم ينطلق بعد من أجل التوصل إلى توافق ضروري لمستقبل الحياة السياسية في تونس. مبيّنا أن هناك إجماعاً حول استبعاد النظام الرئاسي "المتغّول" وكذلك الأخذ بآليات النظام البرلماني وتكوين حكومة منبثقة عن مجلس الشعب وتنظيم انتخابات مباشرة لرئيس الدولة مما سيسرّع عملية الاصطفاف الحزبي ويسهم في الحد من التشتت الحالي للأحزاب الذي يناهز عددها 140 حزبا". من جهة ثانية ندد الشيخ البشير بن حسين بتصرفات حكومة النهضة إثر اعتقال إمام جامع الزيتونة الشيخ حسين العبيدي وقال بن حسين كنا سابقا نتعرض للصد عن سبيل الله من قبل بن علي وجماعته وحزبه واليوم عدنا للمربع الأول من قبل المؤسسة التي تنتصب للدين والإسلام لأن امتلاء المساجد بالشباب الذي تصفه بالسلفي بات يغضبها، وأصبحت المسألة الآن "ولاء وبراء " للحزب والفكر لا للإسلام - حسب قوله -. وقال بن حسين نتعرض الى حملات اعتقال اليوم من المؤسسة التي تنتصب للدين والإسلام قائلا أن اعتقال شيخ الزيتونة حسين العبيدي في رمضان فضيحة تؤكد أن الحكومة اغتاظت من الجوامع المكتظة بروادها. واتهم وزارة الشؤون الدينية بأنها تريد استعمال عصا وزارة الداخلية لفرضها على المساجد في محاولة للاستحواذ على كل شيء. وقال "هم اناس يريدون أكل الخبز بالإسلام والذي يريد أكل الخبز بالإسلام سنطعمه الحنظل". من جهة أخرى نفت وزارة الداخلية بصفة قطعية تعرض امام جامع الزيتونة حسين العبيدي الى أي اعتداء لفظي أو مادي أثناء التحري معه وقالت لقد تمت معاملته معاملة حسنة مع تمتيعه بكامل الضمانات القانونية. وأوضحت الوزارة أنه تم استدعاء إمام جامع الزيتونة حسين العبيدي من قبل مصالح الشرطة العدلية قصد التحري معه في قضيتي الاعتداء بالعنف وقضية تغيير أقفال أبواب الجامع. وقد أبقت النيابة العمومية الشيخ العبيدي طليقاً على ذمة التحقيق. وقد نفت وزارة الشؤون الدينية أية علاقة لها بإيقاف الشيخ حسين العبيدي معتبرة أن إيقافه كان على خلفية اعتدائه على عدل منفذ اثناء قيامه بواجبه. وكان الشيخ العبيدي اتهم وزارة الداخلية باختطافه معلنا عن تقديم قضية في هذا الشأن.
