تعد مكتبة المسجد النبوي الشريف مركزاً من مراكز العلم بالمدينةالمنورة لا سيما وانها تقع في قلب المسجد النبوي الشريف مما جعل لها مكانة عالية عند أهل العلم لقوله صلى الله عليه وسلم (من جاء مسجدي هذا لم يأت إلا لخير يتعلمه أو يعلمه فهو بمنزلة المجاهد في سبيل الله ومن جاء لغير ذلك فهو بمنزلة الرجل ينظر إلى متاع غيره) . وذكر التقرير ان كتاب (خزائن الكتب العربية) بين أن مكتبة المسجد النبوي تكونت قبل حريق المسجد النبوي في 13رمضان عام 886ه حيث احترقت خزائن المصاحف والكتب في ذلك الحريق وكانت تضم الخزائن كتباً نفيسة ومصاحف . أما في العهد السعودي فقد تأسست المكتبة عام 1352ه باقتراح من السيد عبيد مدني حينما كان مديرا للأوقاف في المدينةالمنورة وكان أول مدير لها هو السيد أحمد ياسين الخياري وبالمكتبة بعض الكتب التي يعود تاريخ وقفها على المسجد النبوي قبل تاريخ إنشاء المكتبة مثل مكتبة الشيخ محمد العزيز الوزير التي أوقفت عام 1320ه وهي من الكتب التي أدخلت في المكتبة بعد تأسيسها وكانت هناك كتب في الروضة الشريفة على بعضها تاريخ متقدم عن تاريخ تأسيس المكتبة . وتنقسم المكتبة إلى عدة أقسام منها قسم المطالعة الخاصة بالرجال والذي يقع في الركن الشمالي الغربي من سطح المسجد النبوي والمدخل المؤدي له هو السلم الكهربائي رقم (10) وتحتوي على 300كرسي للرواد و قاعات المطالعة الخاصة بالنساء وهي خمس قاعات ثلاث منها في مصلى النساء الشرقي بباب عثمان بن عفان رضي الله عنه رقم (24) واثناين في المصلى الغربي باب عمر بن الخطاب رضي الله عنه باب رقم (16) وتم افتتاحها في 1416ه . و المكتبة الرقمية وتحتوي على أجهزة حاسب آلي مرتبطة بشبكة خاصة محمل عليها البرامج العلمية الحاسوبية وتشمل الكتب والمخطوطات والصوتيات الرقمية و تستعمل من قبل الباحثين و قسم محدودة الاطلاع توضع فيها الكتب المحدودة الاطلاع. و تحتوي المكتبة أيضا على قسم المجموعات الخاصة ويقع في الدور الأول والثاني من باب عثمان بن عفان رضي الله عنه عند نهاية التوسعة السعودية الأولى وهو يضم خزانة المخطوطات الأصلية (كتب ومصاحف) ومصورات ورقية وميكروفيلمية ورقمية وأجهزة تصوير من الميكروفيلم إلى ورقي وأجهزة حاسب آلي وأجهزة تعقيم وصيانة المخطوطات وطاولات عرض لعرض نماذج من المخطوطات للزائرين وصور ملتقطة مكبرة لنماذج بديعة من المخطوطات والمصاحف وقسم الكتب النادرة والدوريات ويقوم بحفظ الكتب النادرة والصور وغيرها وهناك ضوابط وضعت للكتاب حتى يحكم بأنه نادر و قسم الدوريات يضم ثلاثة آلاف دورية وأيضا قسم المكتبة الصوتية ويقع في باب (17) ويقوم بحفظ مايلقى في مكتبة المسجد النبوي من التلاوات والدروس والخطب والصلوات من الحرمين الشريفين ويبلغ محتوياته أكثر من مائة ألف ساعة صوتية مسجلة على أشرطة كاسيت وأقراص مدمجة ووسائط متعددة. كما تحتوي المكتبة على القسم الفني الذي يقع بباب رقم (9) باب الملك سعود بن عبد العزيز رحمه الله ويقوم بتجليد وترميم وتعقيم المخطوطات والكتب وتصوير بعض طلبات التصوير من كتب ومخطوطات والكتابة على الكتب المجلدة ويحتوي على عدة أقسام التجليد بأنواعه والترميم و ترميم المخطوطات والكتب و الطباعة الحرارية على الكتب آلياً ويدوياً و التصوير وأيضا قسم الفهرسة والتصنيف والتزويد ويقع في باب (9) حيث يقوم هذا القسم بالفهرسة والتصنيف وتسجيل الكتب الواردة للمكتبة في برنامج المكتبة بالحاسب الآلي وقسم التزويد الذي يقوم بتأمين الكتب الجديدة للمكتبة عن طريق الشراء ومن مهامه أيضا جلب الكتب الموقوفة على المكتبة حيث يقوم البعض بوقف الكتب على المكتبة ونقلها إلى المكتبة في حياته أو بوصية منه بعد موته وقسم المستودع والذي يضم الكتب المكررة الزائدة عن حاجة رواد المكتبة كما تحفظ به كميات الكتب التي توزع على المساجد والمكتبات العامة في أنحاء العالم. وأيضا قسم الحاسب الآلي والذي يقوم بإدخال بطائق الكتب (الفهارس) في الحاسب بعد ما تم إنجاز برامج لفهرسة الكتب والمخطوطات والدوريات كما يتم به تحويل المصورات الورقية والميكروفيلمية عبر الماسح الضوئي إلى الحاسب الآلي وكذلك إدخال وحفظ التسجيلات الصوتية والمرئية في الحاسب الآلي وايضا قسم البحث والترجمة ويتم به بحث بعض المسائل حسب الحاجة وترجمة ما يحتاج إلى ترجمة عربية من اللغات الأخرى كالإنجليزية والفرنسية والأوردو وغيرها والاطلاع على الكتب المهداة أو الموقوفة على المكتبة وإجازتها. وبين الدكتور الحارثي أن المعهد يقدم خدمات كثيرة للباحثين في داخل جامعة أم القرى وفي خارجها سعياً منه إلى تحقيق أهدافه المرسومة ومن الخدمات التي يقدمها تنفيذ مشاريع البحوث العلمية وتمويلها ونشر الكتب والبحوث والرسائل الجامعية وجمع التراث الإسلامي ونشره وتحقيقه وإمداد الباحثين بما يحتاجونه من أبحاث وملخصات للأبحاث المنشورة في مجال بحوثهم من خلال قواعد بيانات اللغة الإنجليزية المتوفرة بالمعهد والاتصال بمركز الملك فيصل للبحوث والدراسات وتقديم خدمة تسجيل موضوعات الماجستير والدكتوراه للباحثين وتقديم خدمة تصوير المخطوطات للباحثين في مجال تحقيق التراث وإتاحتها لهم. وأفاد أن المعهد يقدم هذه الخدمات من خلال أقسامه وهي قسم المخطوطات الميكروفيلمية وتضم مكتبة الميكروفيلم أكثر من خمسة وعشرين ألف مخطوط موزعة على جميع فنون العلم والمعرفة جميعها مفهرسة فهرسة علمية دقيقة بأيدي باحثين متخصصين على بطاقات خاصة بذلك موضحاً فيها اسم المخطوط واسم المؤلف وتاريخ النسخ واسم الناسخ وعدد اللوحات والأسطر ونوع الخط والمصدر الأصلي للمخطوط وبداية المخطوط ونهايته كل ذلك من أجل إعطاء الباحث فكرة موجزة عن المخطوط . وأشار إلى إن المعهد أنشأ مؤخراً المعمل الإليكتروني الجديد ويحتوي هذا المعمل على جهازين : أحدهما خاص بتحويل المخطوطات الميكروفيلمية إلى قرص مضغوط (CD) والجهاز الآخر خاص بتحويل المخطوطات الورقية إلى قرص مضغوط (CD) أيضاً باستخدام الماسح الضوئي كما يحتوي على آلة تصوير رقمية ملونة وأبيض وأسود تقوم بخدمة التصوير والتجميع والفرز والتدبيس . وأبان أن هذه الأجهزة الحديثة تقدم خدماتها لجميع المراكز البحثية بالمعهد سواء ما كان منها نظرياً أو علمياً من حيث الطباعة والنسخ والتصوير والتخزين وإمكانية وضعها على أقراص مضغوطة (CD) وتداولها عبر شبكة المعهد الحديثة وإنشاء قاعدة بيانات لكافة المخطوطات المتوفرة لدى المعهد مؤكداً حرص المعهد على تدريب الموظفين بالقسم على هذا العمل ليتعرفوا على كيفية استخدام هذه الأجهزة وسبل تسخيرها وتطويعها لخدمة البحث العلمي . وتُعَدُّ هذه الأجهزة الأولى من نوعها على مستوى مراكز المخطوطات المحلية التي توظف التقنية الحديثة لخدمة المخطوطات العربية من حيث معالجة المشكلات الفنية والآفات التي تصيب المخطوطات جراء تقادم الزمن كما تُعَدّ نقلةً نوعيةً متقدمةً في الأرشفة والفهرسة الإليكترونية. كما يقدم المعهد خدماته عن طريق قسم مكتبة المعهد حيث تعد مكتبة المعهد ثاني مكتبة في الجامعة بعد المكتبة المركزية من حيث المساحة ومحتوياتها من الكتب والدوريات والرسائل الجامعية وهي مكتبة مخصصة للباحثين وطلاب الدراسات العليا. وقد تمَّ تزويد مكتبة المعهد بمجموعة كبيرة من الكتب العربية والأجنبية وبلغ عدد الكتب العربية التي زُوِّدت بها المكتبة خلال العام الماضي فقط ما يزيد على خمسمائة عنوان حديثة كما بلغ عدد الكتب الأجنبية خمسمائة وخمسين عنواناً. ويأتي هذا في ظل تطوير مكتبة المعهد بالجديد في عالم الكتب والدوريات والرسائل الجامعية. وتضم المكتبة حالياً أكثر من عشرين ألف كتاب من مختلف العلوم والمعارف كما تضم حوالي ثلاثة آلاف وخمسمائة رسالة جامعية على مستوى الماجستير والدكتوراه وقد تَمَّ إصدار قرص مدمج (CD) لهذه الرسائل العلمية وهو متوفر لدى المعهد . وتشهد المكتبة حالياً تطوراً ملموساً في الفهرسة والتنظيم واستخدام التقنية الحديثة حيث تّمَّ تخزين ما هو متوفر في المكتبة من كتب ورسائل جامعية في جهاز الحاسب الآلي الذي بواسطته يتم حالياً البحث إليكترونياً عن الكتب والرسائل الجامعية بعد أن كانت تتم سابقاً بواسطة البحث اليدوي(البطاقة المفهرسة) . وكذلك يقدم المعهد خدماته من خلال قسم الحاسب الآلي والمعلومات ويقوم هذا القسم بالاتصال بمراكز المعلومات في المملكة ودول الخليج العربية لتسهيل حصول الباحثين على المعلومات اللازمة لبحوثهم ومن ذلك توفر خدمة الاتصال بمركز الملك فيصل للبحوث والدراسات لتمكين الباحثين من معرفة ما إذا كان موضوع البحث المراد تسجيله قد سبق تسجيله ونشره أم لا. ويقوم أيضاً بتوفير قواعد المعلومات المختلفة لمساعدة الباحثين في الحصول على البيانات والمعلومات التي يحتاجون إليها خاصة قواعد البيانات الجاهزة التي أُصدرت من قبل المؤسسات والمراكز المتخصصة في المجالات العلمية والأدبية والهندسية والطبية وفي العلوم الشرعية وغيرها . كما يوجد بقسم الحاسب الآلي والمعلومات بالمعهد مجموعة من قواعد البيانات تشتمل على قواعد بيانات خاصة بما صدر عن المعهد من مطبوعات وإصدارات علمية وقواعد بيانات لفهارس المخطوطات الموجودة لدى المعهد وقواعد بيانات لرسائل الماجستير والدكتوراه التي نوقشت وأجيزت بجامعة أم القرى منذ إنشائها وحتى الآن وقواعد بيانات خاصة بالخبراء الأساتذة في شتى التخصصات العلمية على مستوى الوطن العربي وقواعد بيانية للاختبارات والمقاييس التربوية والنفسية والاجتماعية وآخر هذه القواعد البيانية خاصة بمشروع موسوعة الشعر العربي بالمعهد.