أعربت الجامعات البريطانية عن قلق بالغ من توجهات داخل الحكومة البريطانية بزعامة توني بلير بشأن الحرب على الإرهاب وإصدار القوانين التي قد تعطل البحث العلمي وتناول قضايا الشرق الأوسط أو العرض لأفكار منظمات أو هيئات دينية مما قد يدرج نحو ما يسمى مساندة الإرهاب أو الدعوة إليه أو تحميله. واشتكى رئيس هيئات الجامعات البريطانية البروفسور دارموند بوني من تحركات حكومية في مجال تقييد حرية البحث وحقوق التعبير الأكاديمي والتأثير على تراث الجامعات المعروف بالحرية المطلقة أمام الباحث دون مراعاة ميول سياسية أو فكرية تفرض عليه عدم الاقتراب من قضايا معينة أو بحثها من خلال منظور أكاديمي بحت. وقد شهدت الجامعات البريطانية خلال الآونة الأخيرة، طفرة في الاهتمام بالإسلام والحضارة التي انبثقت عنه. وقالت مخاوف الرأي من أن التوسع في إنشاء الأقسام التي تدرس العربية والإسلام والشرق الأوسط قد تعرض لضغوط حكومية وأمنية فيما يرتبط بدراسة للأفكار الإسلامية والتاريخ المرتبط بالفتوحات ونشر الدعوة على نطاق واسع. ورغم هزيمة قانون الإرهاب أمام البرلمان، فإن الأكاديميين البريطانيين يعبرون عن قلق من مناخ غير علمي قد يتسلل إلى الجامعات بغرض القيود على الأبحاث والتعامل مع طلاب مسلمين، أو حجب بعض المواد العلمية عنهم، خوفاً من وصولها إلى أيدي منظمات إرهابية. وقد شهدت الجامعات البريطانية النشاط الملحوظ لوجود إسلامي أكاديمي المسؤول عنه بروز تيارات أكاديمية عربية وإسلامية أعادت قراءة التاريخ والتعامل معه من وجهة نظر إسلامية عبر نهج علمي أكاديمي جديد. وحث البروفسور بوني الحكومة الابتعاد عن الجامعات، والمحافظة على استقلالها والابقاء على تميز أكاديمي بريطاني ارتبط بحرية البحث والاجتهاد دون تدخل من الأجهزة الإدارية أو الحكومية. وأكد الأكاديمي البريطاني أن ازدهار الجامعات البريطانية ارتبط دائماً بالحرية وحق الأكاديمي في الاجتهاد العلمي وعرض كافة القضايا دون اتهام له بتجميل الإرهاب أو الدعوة إليه أو تحسين صورته.وكان نشاط الأكاديميين البريطانيين وراء اسقاط قانون الإرهاب في البرلمان البريطاني حيث وقفوا بقوة وراء تحريض نواب البرلمان على اسقاط هذا القانون الذي يمثل شبهة الاعتداء على الديمقراطية والتصدي لها بقمع حرية التعبير.