سارع الأزهر إلى إصدار بيان تبرأ فيه من تصريحات الدكتور حسن الشافعي، رئيس المكتب الفني لشيخ الأزهر، التي حمل فيها على الجيش على خلفية عزل الرئيس محمد مرسي الأمر الذي وصفه ب "المؤامرة المدبرة"، وأدان قتل مؤيديه أثناء صلاة الفجر أمام دار الحرس الجمهوري. وجاء في بيان أصدره المكتب الفني لشيخ الأزهر: "في ظل هذه المرحلة الحرجة من تاريخنا الوطني، ونظرًا لخطورة الكلمة، ودعوة الأزهر إلى تحرِّي الدقة، فإنَّنا نؤكد أنَّ أيَّ بيانات أو تصريحات تصدر عن أي شخص ولا تصدر عبر المركز الإعلامي الرسمي للأزهر الشريف، فهو رأي شخصي ولا يُعبِّر عن مؤسسة الأزهر أو مشيخته، إنما هي مجرد آراء لأصحابها لا تحمل على المؤسسة ولا تُمثِّل وجهة نظرها". وكان الشيخ حسن الشافعي مستشار شيخ الأزهر قد شن هجوما شديدا على قادة الانقلاب العسكري وذلك على فضائية "الجزيرة" استنكر فيها بشدة عدم توفير القوات المسلحة الحماية للمتظاهرين السلميين، وقتل المدنيين العزل أثناء أدائهم صلاة الفجر، مؤكدًا أن لديه شهود عيان ينفون صحة الرواية الرسمية حول مجزرة الساجدين أمام الحرس الجمهوري. وقال الدكتور حسن الشافعي في كلمة له على الجزيرة مباشر مصر: "أبلغني أكثر من 10 رجال شهود مستعدون للشهادة بشأن مجزرة الحرس الجمهوري أن الرواية الرسمية غير صحيحة"، مطالبا القوات المسلحة بأن تترك الحياة السياسية وتعود إلى مهمتها الأساسية وهي حماية الوطن كما أعلنت. وقال إن ثورة 25 يناير لن تُنسخ ولن تستبدل فهي قائمة في قلوب جميع المصريين ولم يخرج عليها إلا الفاسدون، مطالبا بالتوقف عن التهديد والترهيب ودعوة الجميع لمصالحة وطنية بما فيها حزب الحرية والعدالة. وأكد أن المؤامرة الانقلابية مدبرة بدقة وإحكام قبلها ب 30 ساعة، بل ومن بدء رئاسة الدكتور مرسى، وأنه عار على الثوار ان يضعوا ايديهم فى يد الرموز الفاسده والا فهو يقامر بمستقبله. وقال "اعرف الفرق بين التدين الصحيح والارهاب، والمسلمون الان فى مصر ليسوا ارهابيين، والضغط على الاسلاميين لن يدخلهم تحت الارض، ولا ارضى لجنود مصر ان تتورط فى السياسه وعليها ان تسارع لحماية الوطن فقط". وأضاف: "لقد أخرجتم مظاهرات 30يونيو بغطاء شعبي وسياسي دقيق ولكن ما لم تحسبوا حسابه هو تكلفته البشريّة"، مؤكدا أن قوى البغى والعدوان لن تستمر في فرض الخوف فى قلوب المواطنين بعد ان ذاقوا طعه الحريه فى عهد د مرسى. وتابع "على المواطنين ان يصبروا حتى لو اعتبرتم هذا تحريضا ولن نيأس من روح الله"، وطالب بالإفراج عن جميع المعتقلين السياسيين وعلى رأسهم الدّكتور محمد مرسي الرئيس المنتخب. وتساءل شافعي "اين حماية المتظاهرين كما حميتم المعارضين من قبل؟"، اللهم ان هذا منكر لا يرضيك سنقاطعكم حتى تعودوا الى رشدكم ولن تكمموا افواهنا وسنقول لا وافعلوا لنا ما تشاءون حسبنا الله ونعم الوكيل. وأعلن رفضه أن يكون عضوا فى لجنة المصالحه بعد ان سالت دماء اخوانه، متسائلا "كيف اطلب منهم الرجوع من الميادين، بعد كل هؤلاء القتلى اثناء صلاة الفجر؟". وطالب بسرعة عودة القنوات الاسلاميه، مشيرا إلى أن الاسلحه التى كانت موجوده فى القنوات الاسلاميه اسلحه فكريه وهذا ما تخافونه، وقال للانقلابيين "انتم انتهازيين لا تريدون الا السلطه".