فرضت لائحة نظام مطاحن انتاج الدقيق، غرامة تصل إلى 40 مليون ريال على شركات مطاحن الدقيق، أو ضعف مدة تعليق النشاط المحكوم بها في المرة السابقة، في حال كررت مخالفتها للنظام، أو لوائحه، أو إذ لم تصحح الخطأ، خلال المهلة التي تحددها لجنة النظر في المخالفات الناشئة من تطبيق أحكام النظام، والبت في التظلمات المقدمة في شأنها.. وتضمنت اللائحة على تلك الشركات في حال ارتكبت مخالفة النظام أو لوائحه في المرة الأولى، أربعة أنواع من العقوبات، وهي: ( الإنذار، وتعليق النشاط أو جزء منه لمدة تحددها اللوائح، أو غرامة لا تزيد على 20 مليون ريال، أو إلغاء الترخيص). ويجوز تضمين القرار الصادر بالعقوبة -الذي أصبح نهائيًّا- النص على نشره على نفقة المخالف في ثلاث صحف محلية، تصدر إحداها على الأقل في المنطقة التي يقع فيها مقر إقامته، فإن لم تكن هناك صحيفة في المنطقة ففي صحيفة تصدر في أقرب منطقة إليها. تُطبق العقوبات المنصوص عليها بقرار يصدر من اللجنة وفقًا لأحكام النظام أو اللوائح. وتنشأ المطاحن أو تُشغَّل من خلال شركات مساهمة تؤسس وفقًا للإجراءات النظامية، ويشترط لإنشاء المطاحن أو تشغيلها أو التوسع فيها؛ الحصول على ترخيص من المؤسسة يصدر بقرار من المجلس. ويصدر المجلس الترخيص بإنشاء المطاحن أو تشغيلها بعد موافقة مجلس الوزراء. وتفرض المؤسسة العامة للحبوب، مقابلًا ماليًّا على إصدار أي ترخيص أو تجديده أو تعديله، ويحدد المجلس مقدار المقابل المالي، وتبيّن اللوائح تصنيف التراخيص، وأنواعها ومددها، وتحدد كذلك شروط إصدار التراخيص وتجديدها وتعديلها. وعلى المؤسسة في حال عدم تجديد الترخيص اتخاذ ما يلزم؛ لضمان تأمين حاجة السوق من الدقيق. ولا يجوز لشركات المطاحن التنازل عن الترخيص قبل الحصول على الموافقة من المجلس، وتبيّن اللوائح ضوابط وشروط التنازل عن الترخيص. ويجوز لشركات المطاحن إنشاء صوامع لتخزين احتياجاتها التشغيلية، بعد الحصول على الترخيص اللازم وفقًا للشروط التي تبيّنها اللوائح. كما لا يجوز لشركات المطاحن استيراد أي كمية من القمح، إلا بعد الحصول على موافقة المجلس وفقًا للشروط التي تبيّنها اللوائح. يحظر على شركات المطاحن تصدير القمح أو الدقيق أو المنتجات المشتقة منهما المدعومة؛ إلى خارج المملكة إلا بعد الحصول على موافقة المجلس، على أن يراعي تحصيل المؤسسة ما يعادل قيمة الدعم المتحقق للقمح أو الدقيق أو المنتجات المشتقة منهما المطلوب تصديرها، وألا يترتب على التصدير إخلال بحاجة السوق المحلية من القمح أو الدقيق أو المنتجات المشتقة منهما. وتلتزم شركات المطاحن في الحصول على موافقة المجلس قبل أيّ عملية اندماج مع أي شركة أخرى من شركات المطاحن المرخص لها، أو امتلاك معظم هذه الشركات، أو موجوداتها، سواء داخل المملكة أو خارجها، وإبلاغ المؤسسة خلال خمسة أيام عمل بأي اتفاق مبدئي يتم التوصل إليه في هذا الشأن. والحصول على موافقة المجلس قبل شراء ما نسبته خمسة في المائة، أو أكثر من أسهم أي شركة أخرى من شركات المطاحن المرخص لها، أو شراء أوراقها المالية، أو أي صيغة أخرى من صيغ حقوق الملكية، أو شراء نسبة أقل من تلك، إذا كانت تؤدي إلى إنشاء وضع مهيمن في أي جزء من نشاط الطحن.