كشفت صحيفة "الغارديان" أن الجيش المصري شارك في عمليات "تعذيب وقتل واختفاءات قسرية" في مختلف أنحاء البلاد، خلال الانتفاضة ضد نظام الرئيس السابق حسني مبارك. وكتبت الصحيفة في موقعها على شبكة الإنترنت، أنها "حصلت على فصل من تقرير أعدته لجنة خاصة لتقصي الحقائق حول الجرائم التي وقعت خلال الثورة وقدّمته للرئيس محمد مرسي، أظهر أن الجيش المصري استخدم هذه الممارسات في مواقع عديدة، بما في ذلك المتحف المصري، خلال انتفاضة عام 2011 وحتى حين أعلن القادة العسكريون حيادهم". وأضافت إن "الفصل من التقرير، الذي لم يتم نشره حتى الآن، يتهم الجيش المصري بالتورّط في ارتكاب جرائم ضد المدنيين بدءاً من أول انتشار له في الشوارع، ويوصي الحكومة المصرية بفتح تحقيق مع القيادات العليا للقوات المسلحة لتحديد الجهة المسؤولة عن الجرائم المرتكبة". وأشارت الصحيفة إلى أن "الفصل الذي حصلت عليه من التقرير يركّز على مصير المفقودين أو المختفين قسراً، ووجد أن القوات المسلّحة المصرية احتجزت عدداً غير معروف من المدنيين، عند نقطة تفتيش على الطريق السريع جنوبالقاهرة"، لافتاً إلى أن "هؤلاء المحتجزين لم يظهروا مرة أخرى". وأضافت إن القوات المسلّحة قامت أيضاَ "باحتجاز وتعذيب محتجين في المتحف الوطني قبل نقلهم إلى السجون العسكرية، وقتل ما لا يقل عن شخص واحد، وتسليم ما لا يقل عن 11 جثة مجهولة الهوية إلى الأطباء الشرعيين العاملين لدى الحكومة المصرية، يُعتقد أنهم سجناء سابقون، وتم دفنهم بعد 4 أشهر". ونسبت إلى الفصل المسرّب قوله إن "لجنة تقصي الحقائق وجدت أن عدداً من المواطنين توفوا أثناء احتجازهم من قبل القوات المسلّحة المصرية ودُفنوا في مقابر الفقراء باعتبارهم مجهولي الهوية، من دون أن تفتح السلطات تحقيقاً حول ذلك رغم وجود أدلة على الإصابات والتعذيب الشديد". كما توصي اللجنة ب"التحقيق مع قادة القوات المسلّحة لمعرفة الجهات التي أصدرت الأوامر لمرؤوسيها لارتكاب أعمال التعذيب والاختفاء القسري". وأشارت الصحيفة إلى أن اللجنة، التي عيّنها الرئيس مرسي في تموز/يوليو الماضي للتحقيق في 19 حادث عنف، قدّمت تقريراً مكوناً من نحو 800 صفحة إلى مرسي والمدعي العام، ولم يتم نشره أو الرد على نتائجه وتوصياته بشكل علني". ونقلت الصحيفة عن مدير المبادرة المصرية للحقوق الشخصية حسام بهجت قوله إن "هذا الفصل من التقرير يسلّط الضوء على وقائع جديدة ومثيرة للقلق العميق عن تورّط الجيش المصري في ارتكاب انتهاكات خطيرة لحقوق الإنسان، ويكشف على وجه الخصوص تفاصيل جديدة عن واحدة من أكثر الجوانب السرية للثورة، والدور الذي لعبته القوات المسلّحة في دعمه ضد المحتجين من تاريخ نشرها في 28 كانون الثاني/يناير 2011 وحتى البيان الأول الذي أصدرته القيادة العسكرية، وأعلنت فيه دعمها للمتظاهرين في 10 شباط/فبراير من العام نفسه".