أبرز نقاط الخلاف بين حركتي «فتح» و «حماس» والتي ما زالت تعيق إتمام المصالحة الفلسطينية، وفق مشاركين في الاجتماع المشترك الذي عقد مساء الجمعة وفجر السبت في القاهرة ولم ينته إلى نتائج حاسمة: - «فتح» وجميع الفصائل والشخصيات المستقلة تريد نظاماً انتخابياً واحداً للمجلس الوطني والمجلس التشريعي، فيما تصر «حماس» على إجراء انتخابات المجلس الوطني وفق نظام التمثيل النسبي الكامل، على أن يتم انتخاب 75 في المئة من أعضاء المجلس التشريعي وفق النظام النسبي والباقي على أساس الدوائر الانتخابية. - جميع الفصائل لا تمانع أن يكون أعضاء المجلس التشريعي المنتخبين في فلسطين أعضاء طبيعيين في المجلس الوطني، فيما ترى «حماس» أن لكل مجلس خصوصيته ويجب أن ينتخب أعضاء كل مجلس على حدة ويكون لكل مجلس دوره وصلاحياته. - «فتح» وفصائل منظمة التحرير يريدون الوطن دائرة واحدة والخارج دائرة ثانية، فيمت ترى «حماس» أن الخارج يجب أن يكون ست دوائر انتخابية. - «فتح» تريد أن يتزامن تشكيل الحكومة مع مرسوم تحديد موعد الانتخابات، فيما ترى «حماس» أن يتم تشكيل الحكومة أولاً ويكون دور هذه الحكومة إنهاء الانقسام وبعدها يتم تحديد موعد الانتخابات التي تشرف عليها الحكومة. - جميع الفصائل وافقت على برنامج مشترك، وهو وثيقة الوفاق الوطني التي تعتبر وثيقة الأسرى أساساً لها. لكن رئيس المكتب السياسي ل «حماس» خالد مشعل اعتبر أن هذا برنامج توافق وطني وأن ل «حماس» برنامجها السياسي الخاص بها. - تعتبر «فتح» والفصائل الأخرى أن المقاومة الشعبية السلمية هي السبيل لتحقيق الحرية والاستقلال للشعب الفلسطيني على حدود عام 1967. أما «حماس» فإنها توافق على هذا البرنامج بما لا يلغي كافة أشكال المقاومة الأخرى، وأن دولة فلسطين هي على جميع أراضي فلسطين التاريخية. - «حماس» تريد تشكيل لجنة انتخابات جديدة للخارج، فيما ترى «فتح» والفصائل الأخرى أن يتم تشكيل لجنة فرعية للانتخابات في الخارج تكون فرعاً للجنة الرئيسية أو المركزية للانتخابات». - يريد الرئيس محمود عباس تحديد فترة الحكومة الجديدة وبرنامجها و «حماس» ترى انه يجب أن تأخذ وقتها الكافي لإنجاز مهماتها.