أعربت إسرائيل عن قلقها من انتخاب المرشح الإسلامي محمد مرسي رئيساً لمصر، وحذّر مسؤولون إسرائيليون ووسائل الإعلام من وجود واقع جديد وصعب بالنسبة إلى الدولة العبرية. ويعكس القلق الذي عبّرت عنه كل وسائل الإعلام تقريباً حالة القلق الرسمية حول ما يمكن أن يعنيه انتخاب رئيس إسلامي على رأس مصر التي تعد أهم حليف لإسرائيل في المنطقة العربية. وأصدر رئيس الوزراء بنيامين نتانياهو بياناً حذراً مساء الأحد بعد إعلان فوز مرسي، وقال إن «إسرائيل تقدّر العملية الديموقراطية في مصر وتحترم نتائج الانتخابات الرئاسية (...) وتأمل بمواصلة التعاون مع الحكومة المصرية على أساس عملية السلام» الموقعة بين البلدين في العام 1979. وصرح مسؤول إسرائيلي بارز طلب عدم كشف هويته بأن فوز مرسي ليس مشجعاً لإسرائيل. وقال «إن فوز الإسلاميين لن يطمئن إسرائيل. ونأمل بأن يتبنوا منهجاً براغماتياً». وأضاف أن «إسرائيل ومصر لديهما المسؤوليات نفسها، وهي أمن حدودهما الممتدة على 240 كلم، وتسوية النزاع الإسرائيلي - الفلسطيني عن طريق التفاوض إضافة إلى مصالح اقتصادية». وصرح وزير الدفاع السابق بنيامين بن اليعازر الذي كان مقرباً من الرئيس السابق حسني مبارك، بأن من سيقود مصر الآن «رجل لم يخف مطلقاً عداءه لإسرائيل». وأضاف: «علينا أن نسعى إلى إجراء حوار مع الإسلاميين، وفي الوقت نفسه أن نستعد للحرب». وأعلن مرسي الاثنين انه يؤيد مراجعة اتفاقات السلام التي وقعتها مصر مع إسرائيل، وذلك في مقابلة أجرتها معه وكالة أنباء «فارس» الإيرانية. وقال في المقابلة التي أجريت معه الأحد قبيل إعلان فوزه رسمياً، إن «سياستنا تجاه إسرائيل ستكون سياسة ندية لأننا لسنا أقل منهم بل نحن أصحاب حقوق وسنتناقش مع الجميع لعودة الحقوق الفلسطينية إلى أهلها لأن استتباب الأمن في المنطقة أساسه إنهاء المشكلة الفلسطينية». وأعربت الصحف الإسرائيلية الاثنين عن قلقها من فوز مرسي. وعنونت صحيفة «يديعوت أحرونوت» الأوسع انتشاراً صفحتها الأولى «ظلام في مصر». وكتبت أن «إسرائيل قلقة من وصول الإسلام المتطرف إلى الحكم في مصر». واعتبر الكاتب سمادار بيري في افتتاحية الصحيفة أن فوز مرسي هو «انتصار خطير»، مذكّراً بأن مرسي كان يرأس في السابق لجنة تدعو إلى «محاربة الصهيونية». وفي الصحيفة نفسها حذّر اليكس فيشمان المتخصص في الشؤون العسكرية من أن فوز مرسي يعني «أن كل شيء أصبح مفتوحاً، والمستقبل غير واضح». وقال إن «على إسرائيل أن تكون مستعدة لكل الاحتمالات»، مثيراً إلى احتمال «تعيين وزير استخبارات إسلامي، ومراجعة اتفاقات السلام وانهيار الاتفاقات الاقتصادية وغياب التنسيق الأمني».