بدأ الجيش الإسرائيلي إجراء تحقيق داخلي في الكثير من الحالات التي قتل خلالها مدنيون في قطاع غزة خلال الحرب. وأعلن مراقب الدولة في إسرائيل أنه قرر فحص إن خرقت إسرائيل القانون الدولي خلال العملية. وادعى مسؤول في الجيش بأن الهدف من هذا التحقيق فحص إن نجمت عمليات القتل عن الإهمال، بهدف استخلاص العبر والتصدي لمطلب التحقيق الدولي ضد إسرائيل في شأن ارتكاب جرائم حرب. وكانت إسرائيل أعلنت أنها لن تتعاون مع اللجنة الدولية للتحقيق برئاسة البروفيسور ويليام شابس، الخبير في القانون الدولي وجرائم الحرب. وزعم رئيس الوزراء الإسرائيلي بنيامين نتانياهو "ان تقرير اللجنة بات مكتوبا وانه ليس لدى اللجنة ما تبحث عنه هنا، وان عليها ان تزور اولا دمشق وبغداد وطرابلس، فهناك سيجدون جرائم حرب وليس هنا". أما رئيس اركان الجيش بيني غانتس فاستبق تحقيقات اللجنة الدولية وعين لجنة عسكرية لفحص "الادعاءات في شأن ارتكاب مخالفات خلال الحرب"، وبخاصة تلك التي ستشمل قتل مدنيين. ووفق ما كشف مسؤول في حديث مع الإذاعة الاسرائيلية، فقد جرى حتى الآن التوصل الى استنتاجات مرحلية في 15 حالة ترتبط بالمواجهة الحالية، وتشمل حالات قتل مدنيين ومهاجمة منشآت الاونروا التي احتمى المدنيون داخلها، ومعركة رفح في مطلع آب (أغسطس) الجاري بعد اختطاف الجندي هدار غولدين. يشار الى ان الجيش فحص في حرب عامود السحاب 82 حالة، ولم يتخذ في أي منها أي خطوة ملموسة او جنائية ضد الجنود. إلى ذلك، دلت معطيات الجيش الاسرائيلي انه هدم خلال الحرب على غزة 63 مسجداً، بينما بلغ العدد الكلي للمساجد التي لحقت بها اضرار 168 مسجداً. وتدعي اسرائيل ان "حماس" استخدمت المساجد لتخزين الأسلحة ولإخفاء فتحات الأنفاق. يشار الى ان إسرائيل تخلت هذه المرة عن سياسة عدم التعرض للمؤسسات الدينية التي تثير غضب العالم عادة، وكانت قد امتنعت خلال "عامود السحاب" في 2012 عن استهداف أي مسجد، بعدما دمرت 17 مسجداً ودمرت 20 مئذنة، في حرب "الرصاص المصبوب" في أواخر 2008 ومطلع 2009. وزعمت اسرائيل ان "حماس" تستخدم المساجد عمداً، ولهذا فإنها "تحولها الى اهداف مشروعة".