انتقدت منظمة العفو الدولية التي تدافع عن حقوق الإنسان لجوء الولاياتالمتحدة الى محاكم عسكرية استثنائية لمحاكمة ستة مشبوهين في صلتهم باعتداءات 11 أيلول سبتمبر 2001 بينهم خالد شيخ محمد العقل المدبر المزعوم للاعتداءات، ودعتها الى التراجع عن طلب فرض عقوبة الإعدام في حقهم. وشككت المنظمة بنزاهة المحاكم العسكرية الأميركية في قاعدة غوانتانامو في كوبا وحيادها، مبدية قلقها من استخدامها معلومات انتزعت عبر التعذيب، ودعت الى"حض الولاياتالمتحدة على التخلي عن هذه المحاكم واعتمادها محاكم مستقلة وغير متحيزة". وأكد الباحث في الفرع الأميركي للمنظمة روب فرير ان وزارة الدفاع الأميركية البنتاغون تتمتع الى جانب الرئيس جورج بوش بنفوذ كبير على سير المحاكم العسكرية،"ما يجعلها تفتقد الصلاحيات الكافية والاستقلالية المطلوبة تجاه الدوائر القيادية نفسها التي أجازت وتساهلت مع الانتهاكات المنهجية لحقوق الانسان التي ارتكبت في حق المشبوهين". كذلك، دان مركز الحقوق الدستورية المحاكم العسكرية، معتبراً أنها"غير قانونية وغير دستورية وتحرف القضاء". وشدد على أن"عمليات الإعدام التي ترتكز على أدلة تنتزع تحت التعذيب إجراءات تعود الى عصور ولت"، علماً ان الإدارة الأميركية أقرّت أخيراً أنها أخضعت خالد شيخ محمد لتقنيات استجواب بينها"الإغراق الوهمي"التي يعتبرها البعض تعذيباً. كما خضع المتهمون الخمسة الآخرون، وهم وليد بن عطاش ورمزي بن الشيبة وعلي عبد العزيز علي ومحمد القحطاني ومصطفى احمد الحوساوي لبرنامج استجواب سري طبقته وكالة الاستخبارات المركزية الأميركية سي أي أي تضمن استخدام تقنيات استجواب"معززة". وقالت مسؤولة في منظمة"هيومن رايتس ووتش"إن"أتدام شخص استناداً الى أدلة حصل عليها بفضل تقنية الإيهام بالغرق او بعد فترات طويلة من حرمانه من النوم غير مناسب". وانتقدت منظمة الدفاع عن الحريات المدنية السعي الى طلب إنزال عقوبة الإعدام،"على رغم وجود نظام محاكم خاصة فاشل لم يستطع إجراء أي محاكمة حتى الآن". واتهم الادعاء العام الأميركي المعتقلين الستة بالانتماء الى تنظيم"القاعدة"والتآمر والقتل والإرهاب وتوفير دعم مادي للإرهاب، وطالب ان يخضعوا لمحاكمة مشتركة أمام محكمة غوانتانامو العسكرية الخاصة وان يواجهوا عقوبة الإعدام. وأكد المستشار العسكري المكلف بالدعاوى القضائية توماس هارتمان أن أية محاكمات سرية لن تحصل في الدعاوى، مشدداً على أن"كل دليل وكل جزء من دليل سيخضع لتدقيق هيئة المحلفين والمحكمة العسكرية، وسيطلع عليها المتهمون الذين سيستطيعون الاحتجاج عليها ومواجهتها".
