ولد علي بن فليس في الثامن من أيلول سبتمبر 1944 في مدينة باتنة 450 كلم شرق وتلقى تعليمه في المدرسة الابتدائية الفرنسية بعد الظهر. بعد حصوله على البكالوريا اختار الدراسة في كلية الحقوق في الجزائر ونال إجازة في القانون عام 1968. دخل سلك القضاء وعيّن قاضياً في محكمة بليدة 50 كلم جنوب ثم مديراً مساعداً مكلفاً شؤون الطفولة المنحرفة عام 1969 فمديراً لقسم إعادة التأهيل عام 1970، قبل ان يعود إلى سلك القضاء ليشغل منصب النائب العام لمحكمة قسنطينة. وفي عام 1974 فتح مكتب محاماة خاصاً في مدينة باتنة. في 1987 كان واحداً من مؤسسي "الرابطة الجزائرية لحقوق الإنسان" التي أجازت السلطة لها بالعمل. وفي عام 1988 عيّنه رئيس الحكومة قاصدي مرباح وزيراً للعدل، وهو المنصب الذي شغله أيضاً في عهد حكومة مولود حمروش ثم في حكومة أحمد غزالي التي شكلت أثناء إعلان حال الطوارئ في حزيران يونيو 1991. استقال من وزارة العدل بعدما رفض المصادقة على قانون يجيز الاعتقالات وإقامة مراكز اعتقال في الصحراء، ثم انشغل بالعمل السياسي في إطار جبهة التحرير الوطني التي كان عضواً في لجنتها المركزية منذ كانون الاول ديسمبر 1989. عيّن في نهاية عام 1998 في منصب مدير ديوان الحملة الانتخابية للمرشح عبدالعزيز بوتفليقة باقتراح من الأمين العام السابق للحزب السيد بوعلام بن حمودة. وبعد تولي بوتفليقة الحكم في نيسان ابريل 1999 عين في منصب مدير ديوان رئاسة الجمهورية ثم رئيساً للحكومة بعد استقالة رئيس الحكومة السابق أحمد بن بيتور في 26 آب أغسطس 2000. أنهيت مهماته رئيساً للحكومة في مطلع أيار مايو 2003 بعدما رفض تحويل جبهة التحرير الوطني، حزب الغالبية البرلمانية، إلى مجرد لجنة مساندة لترشيح الرئيس بوتفليقة الى ولاية رئاسية ثانية. ويقول مقربون من بن فليس إنه كان في إمكانه البقاء في منصبه والتمتع بمزايا الحكم لو وافق على ولاية ثانية للرئيس الحالي، لكنه فضل التزام موقف الحزب بضرورة الاستقلال عن دوائر الوصاية السياسية، وهو ما تسبب له في متاعب كبيرة كان أهمها الهجوم على مقرات الحزب وقيام مؤيدين للرئيس الجزائري بحملة تشهير ضده منذ مطلع حزيران 2003 ثم تجميد أنشطة الحزب وقيام "حركة تصحيحية" تضم مؤيدي الرئيس الجزائري. يعتبر بن فليس من بين المدافعين عن قضايا المرأة الجزائرية، وهو رفض تعديل قانون الأسرة الحالي المستمد من الشريعة الإسلامية من دون عرضه على كل الفعاليات في المجتمع، كما دافع في شدة عن استقلالية القضاء، ويتبنى بن فليس نظرة اقتصادية محافظة تراعي الأوضاع الاجتماعية، وهو لذلك كان وراء تعطيل مجموعة من المشاريع الليبرالية مثل تحرير قطاع النفط والتخلص من المؤسسة الحكومية، إضافة إلى إخضاع هيئات الخصخصة إلى رقابته المباشرة كرئيس للحكومة. وبالموازاة مع تبنيه في خطاباته مبادئ الحكم الراشد وبالأخص الشفافية ودمقرطة الحياة السياسية يعرف عن بن فليس تمسكه الشديد بالدفاع عن حرية الصحافة، وهو كان أول من قام بزيارات الى الصحف التي منعتها الحكومة لأسباب سياسية في آب 2003، ولم يعرف عنه أنه كان وراء مصادرة الصحف المستقلة عندما ظهرت بين سنوات 1989 و1991 حيث كان يشغل في هذه الفترة منصب وزير العدل ولا حتى عندما كان رئيساً للحكومة. وهو يعتبر أحد أبرز المدافعين عن التعريب في الإدارة الجزائرية ولا يلقي خطبه إلا بالعربية.