جاء اختيار الرئيس الجزائري عبدالعزيز بوتفليقة مدير ديوان رئاسة الجمهورية السيد علي بن فليس في إدارة شؤون الحكومة الجزائرية تأكيداً لرغبته في اسناد المناصب الحساسة للدولة إلى رجال يضع فيهم ثقته الكاملة، وتحديداً واضحاً للتوجه السياسي للحكومة من خلال اسنادها لشخصية كبيرة في حزب جبهة التحرير الوطني أبرز التيارات الوطنية المعتدلة. ويعد السيد بن فليس من أقرب الشخصيات التي استعان بها الرئيس بوتفليقة منذ قرر الترشح للانتخابات الرئاسية التي جرت في نيسان ابريل 1999، وتولى إدارة شؤون حملته الانتخابية قبل أن يكلفه الرئيس بمتابعة كل الملفات في رئاسة الجمهورية. وإذا كان الحديث تردد عن تعيين السيد بن فليس قبل أكثر من سنة، فإن استعانة رئيس الجمهورية به لإدارة شؤون الحكومة بعد استقالة رئيس الحكومة السابق السيد أحمد بن بيتور تؤكد حرص الرئيس الجزائري على وضع حد للخلافات التي كانت تهدد الحكومة بالتصدع. ويعد رئيس الحكومة الجديد من أبرز الشخصيات السياسية في حزب جبهة التحرير الوطني حزب الحكم منذ الاستقلال، وكان تولى منصب وزير العدل في حكومة السيد قاصدي مرباح، كما أشرف على هذه الوزارة في حكومة مولود حمروش وفي حكومة أحمد غزالي التي قدم منها استقالته في تموز يوليو 1991، وعاد بن فليس إلى مهنة المحاماة قبل أن يُنتخب نائباً في المجلس الوطني الشعبي في 5 حزيران يونيو 1997. وكان بن فليس أسس في العام 1985 جمعية الدفاع عن حقوق الإنسان على رغم ان الحكومة الجزائرية كانت ترفض، في تلك الفترة، تأسيس أي تنظيم من هذا النوع. وبالموازاة مع مساره الإداري كان لرئيس الحكومة الجديد نشاط سياسي مكثف، إذ انتخب في العام 1989 ضمن تشكيلة اللجنة المركزية لحزب جبهة التحرير الوطني ثم دخل المكتب السياسي للحزب. وفي آذار مارس 1998 تم انتخابه بعد مؤتمر جبهة التحرير الوطني عضواً في المكتب السياسي، مكلفاً بالعلاقات مع البرلمان. ولما جاءت الانتخابات الرئاسية في العام 1999 عهد إليه السيد عبدالعزيز بوتفليقة مهمة إدارة حملته الانتخابية. وبعد انتخابه رئيساً للجمهورية، كلف بوتفليقة بن فليس بمهام الأمين العام بالنيابة لرئاسة الجمهورية، ثم مديراً للديوان ابتداء من 27 كانون الأول ديسمبر 1999. الحكومة الجديدة في غضون ذلك، نفى السيد لحبيب آدمي رئيس حركة النهضة عضو في الائتلاف الحكومي، في اتصال مع "الحياة" ان يكون بوتفليقة دخل في مشاورات في شأن الحكومة الجديدة. وقال إن الحكومة "ستكون على الأرجح ذات الحكومة الحالية ذاتها". وقلل من تأثير خروج بن بيتور على تشكيلة الحكومة الجديدة التي سيقودها السيد علي بن فليس. ورأى أن خروج بن بيتور "قد يكون لأسباب شخصية". وتحدثت مصادر مطلعة عن خلفيات الاستقالة، قائلة إن القرار الذي اتخذه بن بيتور جاء نتيجة ضغوط شديدة مارسها بعض القوى السياسية وجماعات ضغط على الرئيس بوتفليقة منذ تعيينه رئيساً للحكومة نهاية السنة الماضية. وكان رئيس الحكومة السابق عبر عن رفضه أكثر من مرة، لسياسة التخصيص التي تبناها بعض الوزراء المقربين من الرئيس الجزائري، بسبب ما قد تحمله من مخاطر على الصعيد الاجتماعي، خصوصاً مع الارتفاع الكبير في نسبة البطالة والانتحار في صفوف فئة الشباب. واعتبرت مصادر قريبة من رئيس الحكومة المستقيل، في اتصال مع "الحياة"، ان قرار الاستقالة يمثل رسالة احتجاج على تجاهل بعض الوزراء المقربين من رئيس الجمهورية لدور بن بيتور كمسؤول أول عن الطاقم الحكومي. وكان بن بيتور قدم استقالته مرتين خلال ستة أشهر بسبب ما تصفه المصادر القريبة منه ب"الظروف الصعبة للعمل في محيط غير متجانس يضم وزراء أحزاب الائتلاف ووزراء فوق العادة يدعون قربهم من الرئيس". لكن بن بيتور كان يرفض الإعلان عن ذلك رسمياً، آملاً بإقدام الرئيس على إحداث التغيير وتفادياً لأي استغلال سياسي. وتعيب أوساط من الائتلاف الحكومي على بن بيتور عدم تحكمه في تسيير جهاز الحكومة وفشله في وضع حد للخلافات بين بعض الوزراء قبل أن يفتح جبهة ضد بعض الوزراء المقربين من بوتفليقة، والذين كانت لهم اتصالات مباشرة بالرئيس من دون علمه. وإضافة إلى الخلافات العميقة بين وزراء الائتلاف الحكومي التي ترتكز على التباينات الايديولوجية لكل طرف سيما بين الأحزاب الإسلامية والعلمانية، شهدت الحكومة مرات عدة خلافات ومواجهات مباشرة بين رئيس الحكومة وبعض الوزراء والذين لم تسبق لهم ممارسة وظائف حكومية وجاء بهم رئيس الجمهورية من الخارج مثلما هو الحال بالنسبة إلى وزير مساهمات الدولة وتنسيق الاصلاحات السيد حميد طمار ووزير المال عبداللطيف بن أشنهو. وتعتقد مصادر حسنة الاطلاع ان تغيير الحكومة سيسمح لبوتفليقة بتنفيذ المخطط الجديد لعمل أجهزة الحكومة الذي تأخر تنفيذه لأشهر عدة بسبب تفرغ الرئيس الجزائري لمهمات خارجية على رأس منظمة الوحدة الافريقية.