كثفت سلطنة عمان جهودها لحماية الشعاب المرجانية. ونفذت العديد من الدراسات اهمها دراسة "الاتحاد الدولي لصون الطبيعة" IUCN. وتلتها الدراسة التي نفذت في عام 1996 عن طريق شركة "ال جي موشيل". وركزت الدراسة الاخيرة على الاضرار التي سببتها طرق الصيد غير السليمة على نمو المرجان في السلطنة. وكشفت حجم الاضرار التي لحقت بالشعاب المرجانية من جراء تلك الممارسات. وتمكنت من وضع خطة متكاملة لادراة الشعاب المرجانية يشترك فيها معظم القطاعات الحكومية والخاصة ذات العلاقة لمتابعة حالة هذه الشعاب على امتداد سواحل عمان التي يفوق طولها ثلاثة آلاف كيلو متر. ويغوص مختصون في مناطق مختارة من محافظة مسقط لمتابعة التأثيرات الناجمة عن انشطة الصيد ومراقبة الوضع الصحي للشعاب المرجانية. ويراقب هؤلاء نمو نجم البحر، العدو الطبيعي للشعاب المرجانية، وتأثير الانشطة الساحلية على كثافتها. وبما ان المياه العذبة تعتبر مياهاً قاتلة للمرجان، يقوم القسم بعمليات الغوص عقب مواسم الامطار. وتعد منطقة رأس الحمراء في مسقط موطناً لنوع فريد في العالم من المرجان، اسمه "اكانثاستريا ماكسيما" ACANTHASTREA MAXIMA . ويعتبر من اهم مظاهرالتنوع البيولوجي للمرجان في السلطنة. ومن الاضرار الطبيعية ايضاً، افتراس قطعان "نجم البحر" للشعاب المرجانية بنسبة تراوح بين 27 في المئة، كالحال في جزيرة الفحل، وسبعين في المئة، كما في جزيرة "الديمانيات". وهذه النسب مرشحة للزيادة. ويكمن الخطر الاكبر في نمو حجم "نجم البحر" الى مرحلة الوباء OUT BREAK STAGE . كما لوحظ تلف للمرجان في بعض المواقع في بندر الخيران بأثر من الرواسب البحرية، اضافة الى خلخة الشعاب بفعل الرياح القوية. شباك الصيد القاتلة ومن الاضرار البشرية التي تهدد الشعاب المرجانية، فقدان شباك الصيد في المناطق المرجانية. وقد وصلت نسبة الشباك المفقودة في المناطق المرجانية الى ما يقارب 87 في المئة، ما يشكل اكبر نسبة للشباك المفقودة في السلطنة. وتضر الشباك بالاسماك والكائنات البحرية الاخرى. وتؤدي الى القضاء التام على الشعاب المرجانية. وتتمثل المخاطر الاخرى في حبال الصيد، وانتشار المراسي في مواقع الشعاب، ورسو القوارب في طريقة لا تراعي تواجد المرجان، وأخيراً، اقفاص الصيد الجراجير، وهي اقل ادوات الصيد ضرراً. ومن الاضرار الكامنة للشعاب المرجانية عمليات تطوير الشواطىء وتنميتها وخصوصاً بالقرب من اماكن تواجد الشعاب المرجانية. والمعلوم ان ارتفاع درجة حرارة الماء يؤذي هذه الشعاب، ويلعب دوراً مهماً في تنامي ظاهرة ابيضاض المرجان CORAL BLEACHING . وتتوافر الشعاب المرجانية في بعض الاماكن في المنطقة الشرقية، حيث تطغى الانواع اللينةSOFT CORAL على باقي الانواع. وتشكل المنطقة الشرقية مأوى مهماً لكائنات بحرية عدة مثل السلاحف والحيتان والدلافين والطيور البحرية. وتمثل منطقة "بر الحكمان" ثروة كامنة لا تقدر بثمن لأنشطة الغوص والانشطة السياحية على رغم بعدها عن العاصمة مسقط. وتشكل عاملا في غاية الاهمية للثروة السمكية. وتكمن روعة "بر الحكمان" في احتوائها على منطقة مساحتها عشرة كيلومترات، من المرجان الزهري الشكل MONTIPORA FOLIOSA. ويمتاز معظم هذا النوع بحجمه الكبير، الذي يعتبر ثروة في نظر الباحثين. ويتركز معظم شعاب محافظة ظفار، في المنطقة الممتدة بين سدح ومرباط. وتتميز بارتفاع نسب التنوع الطبيعي والبيولوجي فيها. وتتوافر على ما يقارب من خمسين فصيلة من المرجان بخلاف بعض الانواع التي لم تعرف فصائلها بعد!