كشفت مصادر قريبة الى جماعة "الجهاد" المصرية أن "انقلاباً" وقع داخل التنظيم أُجبر بمقتضاه زعيم الجماعة الدكتور ايمن الظواهري على التخلي عن موقعه. وقالت المصادر التي تحدثت الى "الحياة" هاتفياً من خارج مصر إن جدلاً واسعاً وتفاعلات شهدها التنظيم بسبب الحملة التي شاركت فيها اجهزة أمنية واستخباراتية لدول عدة وأفضت الى اعتقال عدد غير قليل من قادة التنظيم وعناصره وترحيلهم الى مصر والولايات المتحدة عقب تفجير سفارتي أميركا في نيروبي ودار السلام في آب اغسطس 1998. وأشارت الى ان قادة في التنظيم احتجوا على دخول الظواهري في تحالف مع اسامة بن لادن تحت لافتة "الجبهة الاسلامية العالمية لقتال اليهود والصليبيين" التي أُسست في شباط فبراير 1998 وتضمن بيانها التأسيسي فتوى وقعها ابن لادن والظواهري "توجب على المسلمين قتل الاميركيين اينما و جدوا ونهب اموالهم". وأضافت المصادر ان قادة في "الجهاد" اعترضوا على اقحام الظواهري الجماعة في معارك مع اميركا لم يكن خوضها ضرورياً في ذلك التوقيت، ورأوا أن ذلك التصرف "لم يستند الى أسس شرعية" وتسبب "في ضرب قواعد للتنظيم في دول عدة، وتجييش القوى المعادية للأصوليين في أكثر من دولة لمطاردة عناصر التنظيم لمجرد دفع شبهة تقديم الحماية لهم، ولتفادي اجراءات عقابية أميركية ضد تلك الدول". وذكرت المصادر ان الظواهري واجه ضغوطاً شديدة من قادة آخرين في التنظيم حمّلوه مسؤولية انهيار الجماعة بعد اعتقال خمسة من أبرز عناصرها نهاية 1998 وترحيلهم الى مصر مع آخرين لمحاكمة عسكرية في قضية "العائدون من البانيا"، ثم ازداد الأمر سوءاً عقب القبض في اذربيجان على واحد من ابرز قادة التنظيم هو أحمد سلامة مبروك الذي رحّل الى مصر اثناء النظر في القضية نفسها، وادرج اسمه في لائحة الاتهام، وكان يعد الرجل الثاني في التنظيم، فاضطر الظواهري الى إعلان تنازله عن "إمارة الجماعة". ومعروف ان آخرين رحّلوا من اذربيجان وبلغاريا ودول عربية اتهموا في القضية ذاتها التي كان الظواهري على رأس لائحة الاتهام فيها. وانضم ايمن محمد ربيع الظواهري الى احدى "المجموعات الجهادية" التي كان يقودها اسماعيل طنطاوي عام 1966 وضمت ايضاً عصام القمري، إلا أن سفر طنطاوي الى المانيا نهاية 1975 ادى الى تفكك التنظيم، فشكل الظواهري مجموعة خاصة به كان هو "أميراً" على اعضائها الذين كان بينهم شقيقه محمد، وعرّفه أحد أعضاء التنظيم عام 1981 على طارق الزمر الذي عرّفه على ابن عمه عبود الزمر، وأقنع الأخير الظواهري بالانضمام ومجموعته الى "تنظيم الجهاد" الذي كان يقوده المهندس عبدالسلام فرج. اعتقل الظواهري للمرة الاولى في 23 تشرين الاول اكتوبر 1981 واتهم في قضية اغتيال الرئيس أنور السادات، لكنه برئ بعدما قضى نحو ثلاث سنوات في السجن، وغادر مصر عام 1985 الى مدينة بيشاور الباكستانية واقام معسكراً لاستقبال المصريين، وهناك استطاع توحيد "مجموعات جهادية".