يرجع نسب آل خليفة إلى قبيلة عنزه ومرجعهم في الوائلية يعود إلى تغلب بن وائل وقد سكنوا الكويت وكانوا قبلها يسكنون الهدار وهو وادي في الافلاج بنجد التي هاجروا منها مع اخوانهم وبني عمومتهم آل صباح حكام الكويت. وبعد وفاة الشيخ خليفة الأول نزح ابنه محمد ابن خليفة مع أولاده الخمسة وجماعته من العتوب من الكويت إلى قطر وأسسوا مدينة الزبارة وسكنوها وبنوا قلعتهم فيها سنة 1182ه وتسمى "صبحا" أو قلعة "مرير". وبعد وفاة الشيخ محمد بن خليفة خلفه ابنه الشيخ خليفة بن محمد، وقد اتسعت الزبارة في زمنه على اثر هجوم صادق خان الزندي على البصرة حيث أمها كثير من تجار وعلماء البصرةوالكويت. وفي العصر الحديث، وفي عام 1932 تولى الحكم الشيخ حمد بن عيسى، وهو الذي انشأ جسر المحرق الذي يربط بين المنامة عاصمة البلاد وبين المحرق وهي ثاني مدن البحرين