مع استمرار المعارك التي يخوضها الجيش العراقي وقوات الحشد الشعبي (الشيعي) والعشائري المكوّن من متطوعين سنة في مدينة الفلوجة التابعة لمحافظة الأنبار، اعترف رئيس الحكومة العراقية حيدر العبادي بوجود انتهاكات مورست بحق مدنيين في هذه المدينة وتوعد بمحاسبة مرتكبيها، فيما طالب سياسيون سنة العبادي بضبط تحركات القوات المشاركة في المعركة محمّلين إياه مسؤولية ما يحدث فيها. وأعلن العبادي عن إصداره أمراً بإيقاف متهمين بالتجاوز، وقال في تصريحات أوردها التلفزيون الرسمي إن «هناك أخطاء وأنا أعترف، ولدينا مقاتلون شاركوا بمعارك الفلوجة ليسوا على نمط واحد»، ولفت إلى «أننا لا نقبل بأي تجاوز وأكدنا على الجهات الأمنية أن تراعي حقوق الإنسان وتحترم كرامته»، وأضاف أن «التجاوزات ليست منهجية، لكننا لن نسكت عنها ولن نتستر على أحد»، وأشار إلى «أننا أصدرنا أمراً بإيقاف بعض المتهمين بتهم قتل وتجاوز على المواطنين وسيقدمون للعدالة». وكان العبادي أعلن في23 أيار 2016 انطلاق العمليات العسكرية لتحرير مدينة الفلوجة غرب بغداد وهي ثاني أكبر مدينة عراقية في قبضة تنظيم «داعش»، بعد الموصل، ووفق الأممالمتحدة فإن نحو 50 ألف مدني لا يزالون في المدينة بينهم ما لا يقل عن 20 ألف طفل، بينما تشير تقديرات أميركية وعراقية إلى وجود ما بين 60 و90 ألف مدني فيها. ونشر بعض الإعلاميين والناشطين أفلاما مصورة وصوراً في مواقع التواصل الاجتماعي بينت ارتكاب بعض من عناصر الحشد الشعبي والشرطة الاتحادية العراقية انتهاكات بحق مدنيين فارين من معارك الفلوجة. ودان رئيس «ائتلاف متحدون» أسامة النجيفي وممثلو محافظة الأنبار عقب اجتماع لهم ما وصفوها بالاإعدامات الجماعية خارج القانون التي حصلت في الفلوجة، وقال مكتب رئيس ائتلاف «متحدون» أسامة النجيفي في بيان إن «رئيس ائتلاف متحدون للإصلاح أسامة عبدالعزيز النجيفي، عقد اجتماعاً موسعاً ضم أعضاء مجلس النواب من محافظة الأنبار ورئيس مجلس محافظة الأنبار وأعضاء المجلس والمسؤولين المحليين في المحافظة، فضلاً عن شخصيات ووجهاء المنطقة»، وبين أن «النجيفي استمع إلى عرض مفصّل لأوضاع المحافظة وبخاصة معركة تحرير الفلوجة في جوانبها كافة». وأضاف البيان أن «المجتمعين أكدوا على دعم كل جهد خيّر يقود إلى تحرير الفلوجة وينقذ أهلها من أسر داعش»، وأشار البيان إلى أن «المجتمعين دانوا الانتهاكات التي حصلت والمتمثلة بإعدامات جماعية خارج القانون والسياقات المعتمدة وتغييب عشرات المواطنين وإخفاء آثارهم، وإهانة المواطنين الهاربين من بطش داعش بأسلوب يفتقد أبسط مقومات المواطنة والإنسانية»، وتابع أن «المجتمعين أشاروا إلى فقدان السيطرة على بعض المنضوين في قوات الحشد الشعبي والشرطة الاتحادية، ما يثير تساؤلات عن إدارة المعركة وضبط مجرياتها»، ولفت إلى أن «الاستعداد لاستقبال النازحين من الفلوجة وتخومها ضعيف ولا يرقى إلى تحقيق الحد الأدنى من الاحتياجات الإنسانية الضرورية»، وأكد ضرورة «دعم المعركة وإنقاذ الفلوجة من داعش»، وأوضح أنه «لا يمكن أن نوافق على أن يستغل جهد التحرير النبيل في إلحاق الأذى بحياة المواطنين وكرامتهم أو اعتقالهم من دون سند قانوني أو فرض إرادات هدفها السيطرة على الناس»، وطالب النجيفي، نواب محافظة الانبار ومجلس محافظتها والمسؤولين فيها ب «الإشراف على كل ما يتعلق بالمواطنين النازحين وضمان عدم تعرضهم لأي اعتداء أو انتهاك مع توفير مستلزمات الحياة الكريمة لهم». وشدد البيان على أهمية «التدقيق في الإجراءات المتخذة عبر الممرات الآمنة بحيث يتطابق الاسم مع حقيقة التعامل مع أهل الفلوجة»، وحمّل النجيفي رئيس مجلس الوزراء حيدر العبادي «مسؤولية السيطرة على حركة القوات من جيش وشرطة اتحادية وحشد شعبي وعشائري وعدم السماح بأي انتهاك مع تقديم مرتكبي هذه الجرائم للمحاسبة الشديدة»، مطالباً ب «إشراف وإشراك أعضاء مجلس النواب من محافظة الأنبار وأعضاء مجلس المحافظة والمسؤولين في الأقضية وأجهزة الأمن والشرطة في التحقيق الذي يحدث مع النازحين من الفلوجة لضمان التدقيق المهني البعيد عن الاستهداف والاعتداء وإخفاء الناس والحقائق»، واكد أهمية «معركة تحرير الفلوجة كونها ذات تأثير كبير على المعارك التي تليها في الموصل والحويجة والشرقاط وغيرها». كما اتهم تحالف القوى العراقية (السني) «جماعات مسلحة منفلتة بارتكاب انتهاكات وجرائم قتل وخطف ضد المدنيين الفارين من مدينة الفلوجة»، وعده «انتهاكاً صارخاً للقوانين والأعراف الدولية وأبسط حقوق الإنسان»، وحذر من «التغاضي عن تلك الجماعات كما حصل في صلاح الدين وديالى وشمال بابل والتي ستؤثر سلباً في جميع المحافظات»، وحمّل رئيس مجلس الوزراء حيدر العبادي مسؤولية «الحفاظ على وطنية المعركة وأرواح المدنيين الابرياء»، كما حذر تحالف القوى العراقية من «إشراك جهة غير الجيش العراقي والقوات الأمنية والحشد العشائري في عمليات تحرير الفلوجة»، وعد أن ذلك «سيبدد جهود الحكومة العراقية في مكافحة الإرهاب ويحول هذه المعارك إلى قتل وحصار للمدنيين الأبرياء»، و أكد «حصوله على معلومات تفيد ب «تفجير جوامع وانتهاكات لمنازل وممتلكات المواطنين في قضاء الكرمة»، ودعا «رئيس مجلس الوزراء حيدر العبادي إلى تجنيب المدنيين ويلات هذه الحرب والتصدي بقوة وحزم للممارسات الاستفزازية الطائفية». وأعلن مجلس محافظة الأنبار عن تشكيل لجان للتحقيق ب «انتهاكات» ارتكبت خلال معارك تحرير قضاء الكرمة ومحيط مدينة الفلوجة، ووفق مصدر في المجلس فإن «مجلس الأنبار شكل لجاناً تحقيقية مشتركة مع القوات الأمنية وعدد من أعضاء البرلمان في شأن انتهاكات»، وأضاف أن «هناك عدداً من الانتهاكات التي تم تسجيلها خلال معارك التطهير في الكرمة ومحاور الفلوجة من قبل بعض من عناصر الحشد الشعبي بالإضافة إلى وجود شكاوى من قبل المدنيين». وأعربت منظمات دولية أثناء المعارك التي جرت في محافظة صلاح الدين وديالى عن قلقلها البالغ في شأن ادعاءات بانتهاكات ارتكبتها ميليشيات تقاتل إلى جانب القوات العراقية التي تحارب تنظيم «داعش»، وتحدثت التقارير الدولية عن أن «أفراد قوات الأمن العراقية والميليشيات التابعة لها نفذوا أعمال قتل خارج نطاق القضاء وعذبوا واختطفوا وشردوا قسراً عدداً كبيراً من الأشخاص»، في اتهامات دأب قادة الحشد وقادة أمن عراقيون على تفنيدها ووضعوها في إطار الانتهاكات الفردية التي نفذها بعض من وصفوهم بالمندسين.